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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004488

染色体: Chr07 坐标: 57433049-57435115 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004488
名称SmilChr07G004488
描述uncharacterized SmilChr07G004488
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57433049 - 57435115 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995092
GeneID130995092
locus_tag-
NCBI NameLOC130995092
原始查询LOC130995092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776227.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776227.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057776227.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057776227.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776227.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57433239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B108,B59,B87
Chr7:57433261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:57433268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:57433277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:57433285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:57433286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C57
Chr7:57433316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:57433318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B126,C68
Chr7:57433324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:57433356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:57433358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C30,C55
Chr7:57433362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092045.1
GTTCTTGTTCTTGCATGTTCTATGTGGTTCAGCCTCTGTTGGTGTTAAATAGAACCTGTGAGAACTCTTTGTTAAGTAAAACCATTTCTCATCTACGTGTACAATGTTTTGCATGCTCTTGAACCTCAAGTTATGTGACAGCCTGCCCATCTCTATTGCATCTAAGCAAAACCTCAACCTTAACAGCTTATTTTGGGCTGTAAGGTCAGGTCTTAGTGCACTCGTGTGAGCTTTGATCAGACCTTGATCTATCCACCGAC...
XM_057920244.1
TCTCTCTCCCTATCTATTGCCTATCTATCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTATCTTCGTCCTCTCTCTCTGAAATCAAGCGCCGCCCGCTTCTGTGGGAAAACCCTAAGGCTCGTCGTCTTCCTCCATTCTTTGAGTCCGCCGCCTTTCTCCGTTCTTCTCCTCCGCCGTGATGAACCCTTCGTATGGTTGGAAGGAATATCTGAGCGACGAAGTCATTCCCGACACCGAAGATTCTCTGTCGTCGTGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995092
ATGAACCCTTCGTATGGTTGGAAGGAATATCTGAGCGACGAAGTCATTCCCGACACCGAAGATTCTCTGTCGTCGTGGGGTGATCCACCGCCCGTGTTTTTCCCTTTCTCCCTGTCGGAGACGTTTCCGGCGTCGCCTGAGGAGCGTGGTGGTGGCGCGTCAGAGAGCGAGGGCGTCCGAGAGTATGAGGTAGCTGAGAGTCCTTCTCCTCCGTTTCGACCTCCGATCATCCGACGGCCCGCAAGGATGAAAACGAGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776227.1
MNPSYGWKEYLSDEVIPDTEDSLSSWGDPPPVFFPFSLSETFPASPEERGGGASESEGVREYEVAESPSPPFRPPIIRRPARMKTRMRSGELGDFDLLCHETWGSDFLSEENPRGLAISEELEANSEELEAILEEPNEWWPTASKAHLRMLAHMFPILFPPKCAKQFAGRRGTSPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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