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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004510

染色体: Chr07 坐标: 57751022-57752389 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004510
名称SmilChr07G004510
描述F-box protein At2g32560-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向57751022 - 57752389 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995108
GeneID130995108
locus_tag-
NCBI NameLOC130995108
原始查询LOC130995108

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein At2g32560-like
产物F-box protein At2g32560-like
ArabidopsisAT2G32560 (AT2G32560)
F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817817]
identity=72.4; qcov=0.699; evalue=6.12e-26; confidence=medium
RiceOs01g0281000 (OsFbox006)
-
identity=71.7; qcov=0.639; evalue=1.37e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057776239.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776239.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776240.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776239.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776239.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:57751256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C54
Chr7:57751259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr7:57751260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,D2
Chr7:57751268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B106,B52
Chr7:57751607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:57751617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C61,C65,D6
Chr7:57751618 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B136,B2,C35,C4,C54,C71
Chr7:57751621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B92
Chr7:57751761 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B101,B104,B113,B22,B36,B4,C19,C34,C60,C61,D5
Chr7:57751786 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B104,B12,B139,B34,B46
Chr7:57751786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B12,B139,B34,B46
Chr7:57751854 G GTT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 35 A2,B10,B101,B105,B109,B112,B113,B118,B133,B134,B16,B21,B31,B38,B39,B42,B64,B71,B75,B78,B8,B83,B90,B92,C11,C21,C42,C45,C58,C59,C63,C69,C74,C79,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920257.1
TTTACTCTAGCTGGTTTTGTGTCATAATTGACTTGTCATACTTGTAATCTAGACTAGCAATATGTTAAGCATTACAAATGGTTTCAATGTTGAATTACTATTATTCCAGTACCCCCGATGTAATCTAAACTAATTAGTATGTTATTTGGGTGTAACAACTAAAATTCTATTTGGAGATTCTTGTATACATAATAGACATACCTAGGAGATTCTTCCATAATAAGCTTGTTTAGGAGATTCTTGTATAGAAGGTTTGTTTA...
XM_057920256.1
TTTACTCTAGCTGGTTTTGTGTCATAATTGACTTGTCATACTTGTAATCTAGACTAGCAATATGTTAAGCATTACAAATGGTTTCAATGTTGAATTACTATTATTCCAGTACCCCCGATGTAATCTAAACTAATTAGTATGTTATTTGGGTGTAACAACTAAAATTCTATTTGGAGATTCTTGTATACATAATAGACATACCTAGGAGATTCTTCCATAATAAGCTTGTTTAGGAGATTCTTGTATAGAAGGTTTGTTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995108
ATGAAGGATAAAAAAAATACTTCTTTACCACATAACTCACTCATGTCTTGCTATCTCGCTCTTGAAAGTGGAAAATTCTGGTTTCCAGCTCAGGTTTTCAACAGAGAGAATGGGCATGTGGGATTTATGCTTTCGTGTTATGACACACAATTAAGCTATGGTTCAATCTCAGACAATTTTGTTGCTAGATATAAAAACCTTCTGTACAAGAATCTCCTAAGTACTCTTGCTGTACATGGATCTATTGAGTGA
LOC130995108
ATGAAGGATAAAAAAAATACTTCTTTACCACATAACTCACTCATGTCTTGCTATCTCGCTCTTGAAAGTGGAAAATTCTGGTTTCCAGCTCAGGTTTTCAACAGAGAGGTAAATTGGAATGGGCATGTGGGATTTATGCTTTCGTGTTATGACACACAATTAAGCTATGGTTCAATCTCAGACAATTTTGTTGCTAGATATAAAAACCTTCTGTACAAGAATCTCCTAAGTACTCTTGCTGTACATGGATCTATTGAGTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776239.1
MKDKKNTSLPHNSLMSCYLALESGKFWFPAQVFNREVNWNGHVGFMLSCYDTQLSYGSISDNFVARYKNLLYKNLLSTLAVHGSIE
XP_057776240.1
MKDKKNTSLPHNSLMSCYLALESGKFWFPAQVFNRENGHVGFMLSCYDTQLSYGSISDNFVARYKNLLYKNLLSTLAVHGSIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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