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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003689

染色体: Chr01 坐标: 55267026-55269795 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003689
名称SmilChr01G003689
描述increased DNA methylation 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55267026 - 55269795 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995213
GeneID130995213
locus_tag-
NCBI NameLOC130995213
原始查询LOC130995213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述increased DNA methylation 3-like
产物increased DNA methylation 3-like
ArabidopsisAT1G20870 (AT1G20870)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838680]
identity=55.7; qcov=0.63; evalue=6.04e-44; confidence=medium
Rice-
-
GOGO:0005634 (nucleus); GO:1901537 (GO:1901537)
KEGG-
PfamPF31004 (IDM_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776361.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776361.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057776361.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776361.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55267199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:55267219 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 53 A1,A5,A7,A9,B100,B111,B112,B117,B128,B19,B2,B25,B28,B30,B33,B40,B42,B43,B44,B47,B48,B50,B52,B53,B57,B60,B61,B64,B69,B71,B72,B77,B80,B86,B88,B91,B94,B98,B99,C10,C18,C3,C35,C4,C45,C50,C53,C55,C62,C65,C7,C71,D5
Chr1:55267301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:55267313 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C80
Chr1:55267313 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C80
Chr1:55267314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:55267925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:55267930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:55268045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C5
Chr1:55268161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:55269728 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 4 A11,A15,B32,B66
Chr1:55269728 C CT 1bp_insertion CDS_variant 4 A11,A15,B32,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776361.1
225 aa
N
1
112
225
IDM_C
C
PF31004 IDM_C 99-212 aa
XP_057776372.1
219 aa
N
1
110
219
IDM_C
C
PF31004 IDM_C 93-206 aa
XP_057776382.1
219 aa
N
1
110
219
IDM_C
C
PF31004 IDM_C 93-206 aa
XP_057776393.1
208 aa
N
1
104
208
IDM_C
C
PF31004 IDM_C 82-195 aa
XP_057776402.1
208 aa
N
1
104
208
IDM_C
C
PF31004 IDM_C 82-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776361.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 99 212 9.5e-48 161.4 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057776372.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 93 206 8.9e-48 161.5 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057776382.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 93 206 8.9e-48 161.5 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057776393.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 82 195 8e-48 161.7 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057776402.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 82 195 8e-48 161.7 Increased DNA methylation protein C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920389.1
GCATTTATTTCACAATTAACCAAATTATAGTACTACAATATTTCTCGGGAACTGCACTACAATGGAAGAAGAAGCACTACTGCGTCTTTTTCGCATGGATAGCTCGAATACTGGGAACATAAAGAAAATCATATGGAAAAGAAGTAAATCTCCAATGGATGTAGATGGCGGGATAGTGGACCCGAATAACTGCAAAGGTGCAGGGGAAGAAACGCGCCATTGTGATTCTATGCAGTTGGTTACATATCCGAGGACCTGTG...
XM_057920419.1
ACAATTAACCAAATTATAGTACTACAATATTTCTCGGGAACTGCACTACAATGGAAGAAGAAGCACTACTGCGTCTTTTTCGGTGAGTCTAATTCCGCAGACCACATTTCTGCTCCAATTTTACAAAAACCCATCTCTCTTTTTGAGTTTTCAACAGCATGGATAGCTCGAATACTGGGAACATAAAGAAAATCATATGGAAAAGAAGTAAATCTCCAATGGATGTAGATGGCGGGATAGTGGACCCGAATAACTGCAAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130995213
ATGGAAGAAGAAGCACTACTGCGTCTTTTTCGCATGGATAGCTCGAATACTGGGAACATAAAGAAAATCATATGGAAAAGAAGTAAATCTCCAATGGATGTAGATGGCGGGATAGTGGACCCGAATAACTGCAAAGGTGCAGGGGAAGAAACGCGCCATTGTGATTCTATGCAGTTGGTTACATATCCGAGGACCTGTGAACCCGCCCAGCCATTTGCTCTGCCCCTCGTGCCTGTTCCAAAGGTGGAAGAATGGTGTTC...
LOC130995213
ATGTTAGGCTTCCCTCTAATGGAAGAAGAAGCACTACTGCGTCTTTTTCGCATGGATAGCTCGAATACTGGGAACATAAAGAAAATCATATGGAAAAGAAGTAAATCTCCAATGGATGTAGATGGCGGGATAGTGGACCCGAATAACTGCAAAGGTGCAGGGGAAGAAACGCGCCATTGTGATTCTATGCAGTTGGTTACATATCCGAGGACCTGTGAACCCGCCCAGCCATTTGCTCTGCCCCTCGTGCCTGTTCCAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057776361.1
MLGFPLMEEEALLRLFRMDSSNTGNIKKIIWKRSKSPMDVDGGIVDPNNCKGAGEETRHCDSMQLVTYPRTCEPAQPFALPLVPVPKVEEWCSNTSVVLTGTACRGGTGPPIGIADIGESKFAYYFCIALPGVKKDPGEFSCEIQRDGKVCVRGVTSTGGKIVQKYTRVYEMKFQQQSPPGPFTLFFNLPGPVDPRLFFPHFRPDGIFEGVRWKVLSKVESCILM
XP_057776372.1
MEEEALLRLFRMDSSNTGNIKKIIWKRSKSPMDVDGGIVDPNNCKGAGEETRHCDSMQLVTYPRTCEPAQPFALPLVPVPKVEEWCSNTSVVLTGTACRGGTGPPIGIADIGESKFAYYFCIALPGVKKDPGEFSCEIQRDGKVCVRGVTSTGGKIVQKYTRVYEMKFQQQSPPGPFTLFFNLPGPVDPRLFFPHFRPDGIFEGVRWKVLSKVESCILM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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