Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004652`

染色体: Chr07 坐标: 59336225-59368218 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004652`
名称	SmilChr07G004652
描述	uncharacterized SmilChr07G004652
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59336225 - 59368218 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995214`
GeneID	`130995214`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995214`
原始查询	`LOC130995214`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776380.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057776391.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057776394.1`
4	Telomere	端粒	0.60000	`XP_057776391.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057776394.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59365209`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B101,D5
`Chr7:59365209`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B101,D5
`Chr7:59365211`	`GT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B101,D5
`Chr7:59365217`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A13,B108,B115,B126,B20,B22,B24,B29,B33,B38,B39,B5,B50,B65,B72,B78,B79,B8,B80,B9,B96,C10,C11,C19,C20,C21,C25,C29,C30,C33,C36,C48,C56,C60,C61,C74,D7
`Chr7:59365225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr7:59365233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,B93
`Chr7:59365245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C23
`Chr7:59365254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr7:59365435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C39
`Chr7:59365452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C41
`Chr7:59365475`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B111,B24,C39
`Chr7:59365475`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B111,B24,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

16 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092090.1
TGATAGGAATAGTACTGTAGAAAAAATAGTGCCTATGGTATTTTTGTAATTTTTGTTTCATTTGTGGGTTTTTACAAAAATAAAAATATCTGTTTCATCTATAACTGCTCTGCAGATTTTTCTTTTTCACTTTCTATGTTTACAGTTCGCAACAAAAAAAGAAAGAGATTTCCTGTCAATCTTTGCCCGGTGAATCCGATCATAATCCAAAAAAAATCACACTAGACAAATCCACTACATCAACAAAGCAAGGAGCTATT...

XM_057920408.1
CTATTGATAGGAATAGTACTGTAGAAAAAATAGTGCCTATGGTATTTTTGTAATTTTTGTTTCATTTGTGGGTTTTTACAAAAATAAAAATATCTGTTTCATCTATAACTGCTCTGCAGATTTTTCTTTTTCACTTTCTATGTTTACAGTTCGCAACAAAAAAAGAAAGAGATTTCCTGTCAATCTTTGCCCGGTGAATCCGATCATAATCCAAAAAAAATCACACTAGACAAATCCACTACATCAACAAAGCAAGGAGC...

CDS

15 records

下载 CDS FASTA

LOC130995214
ATGTTAGTGTTTCATGGTCTAAACGTTTATGTAAAGCTTCTTGTGGACAGAGGCGCTCAAAAGGGCCACACTCTTGATGTTGTGATATTCCATGATAATATAGTTAGGTTCAAACATGTGCTTCAAGAGGGTAATGTTTACATGGTGAAAGGAGCCTATGTTTCTGATCCAAAGCAATACAAGAATCCAATTGTGACATGTAATTACCAATGGACATTCAGAAAAGATACTTTGGTGAATGAAGAACCAAATGATTCGAT...

Protein

15 records

下载 Protein FASTA

XP_057776380.1
MLVFHGLNVYVKLLVDRGAQKGHTLDVVIFHDNIVRFKHVLQEGNVYMVKGAYVSDPKQYKNPIVTCNYQWTFRKDTLVNEEPNDSIPAGGLSFRTTPSCEFHKFLSTKTLINTTCVIIGTHEPREATVQGKVIREYAAIDTELETFVVTFWKQENEEAINMLVQTGGFFEKKVLRSPKQPLQITKVEQMLHKKEMMLIDLRILMVHIWICLYQMNLWREQLIANLLKILIWSHVYLWQAKESHKHQHSSQRVAEQSSEE...

XP_057776381.1
MLVFHGLNVYVKLLVDRGAQKGHTLDVVIFHDNIVRFKHVLQEGNVYMVKGAYVSDPKQYKNPIVTCNYQWTFRKDTLVNEEPNDSIPAGGLSFRTTPSCEFHKFLSTKTLINTTCVIIGTHEPREATVQGKVIREYAAIDTELETFVVTFWKQENEEAINMLVQTGGFFEKKVLRSPKQPLQITKVEQMLHKKEMMLIDLRILMVHIWICLYQMNLWREQLIANLLKILIWSHVYLWQAKESHKHQHSSQRVAEQSSEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器