Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004642`

染色体: Chr07 坐标: 59271546-59273704 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004642`
名称	SmilChr07G004642
描述	ylmG homolog protein 2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59271546 - 59273704 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995215`
GeneID	`130995215`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995215`
原始查询	`LOC130995215`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ylmG homolog protein 2, chloroplastic
产物	ylmG homolog protein 2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G21920` (YLMG2) YGGT family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832252] identity=52.8; qcov=0.78; evalue=1.26e-61; confidence=high
Rice	`Os03g0178200` - identity=68.9; qcov=0.518; evalue=5.26e-54; confidence=medium
GO	GO:0010020 (chloroplast fission); GO:0016020 (membrane); GO:0090143 (GO:0090143)
KEGG	-
Pfam	PF02325 (CCB3_YggT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057776397.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057776397.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057776397.1`
4	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057776397.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776397.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59271697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B115,B71
`Chr7:59271719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr7:59271783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr7:59271787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr7:59271804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:59271813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr7:59272555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr7:59272622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B102,B105,B109,B45
`Chr7:59272629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B68,B9,C38,C50
`Chr7:59273372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:59273474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr7:59273496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B105,B109,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776397.1

255 aa

128

255

CCB3_YggT

PF02325 CCB3_YggT 135-207 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776397.1`	Pfam	`PF02325`	CCB3_YggT	Domain	135	207	3.9e-20	72.6	CCB3/YggT

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920414.1
TTCTAAGCCTTTCCTAAATCCCTCATTTATCTACACTGCAACACCAAAAATGGAGTCTTGCTCTACTTCAATGGAGGAAGAGCGGATTTTCGCTGCTAAAAGCCCACCTCCAAATTTGCAGATATTCCCAATTTCTTCAACCCCTTTTGATTTCTTACGCAGCGCCCCATTTTTCAGACAACCTTCGCACCCCAACTTCCCATTATTGGTCGGAGCTTCAAATGGTTTTCGCGACCTCCACAAATCGTTTGCTTCAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995215
ATGGAGTCTTGCTCTACTTCAATGGAGGAAGAGCGGATTTTCGCTGCTAAAAGCCCACCTCCAAATTTGCAGATATTCCCAATTTCTTCAACCCCTTTTGATTTCTTACGCAGCGCCCCATTTTTCAGACAACCTTCGCACCCCAACTTCCCATTATTGGTCGGAGCTTCAAATGGTTTTCGCGACCTCCACAAATCGTTTGCTTCAAATGTCCAAAATTGCGTGAAAATGGTTGATGATTTCAGGTGCCAAAATCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776397.1
MESCSTSMEEERIFAAKSPPPNLQIFPISSTPFDFLRSAPFFRQPSHPNFPLLVGASNGFRDLHKSFASNVQNCVKMVDDFRCQNQFLDKILSFPAYLHTCFQVPRRSCRNLPMLSSTQNFAAILPGDSVAGVVVASGLSNFLNIYNTLLIVRLVLTWFPNAPPAVVSPLSTLCDPYLNIFRGIIPPLGGLDLSPVLAFLVLNAFTSTAAALPAELPPAAVDAGASKSHPTSTSHEKWMRRLAGAQPKRSSSDKM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器