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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004656

染色体: Chr07 坐标: 59483985-59491003 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004656
名称SmilChr07G004656
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59483985 - 59491003 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995227
GeneID130995227
locus_tag-
NCBI NameLOC130995227
原始查询LOC130995227

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA
ArabidopsisAT2G26330 (ER)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817173]
identity=79.4; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0203800 (RLCK204)
-
identity=76.4; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776403.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776403.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776403.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776403.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776403.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59485233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B32,B57,D4,D5
Chr7:59485457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:59485495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B16
Chr7:59485507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B112,C58
Chr7:59485617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B32,B57,D4,D5
Chr7:59486176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C68
Chr7:59486359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:59486521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr7:59486631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B25,B5,C37,C84
Chr7:59486645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C8
Chr7:59486806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B25,B5,C37,C84
Chr7:59486818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776403.1
982 aa
N
1
491
982
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 25-65 aa PF00560 LRR_1 94-116 aa PF13855 LRR_8 118-177 aa PF00560 LRR_1 119-140 aa PF00560 LRR_1 142-163 aa PF00560 LRR_1 166-185 aa PF00560 LRR_1 215-236 aa PF00560 LRR_1 240-259 aa PF00560 LRR_1 286-307 aa PF00560 LRR_1 333-355 aa PF00560 LRR_1 381-403 aa PF23598 LRR_14 401-513 aa PF00560 LRR_1 406-425 aa PF00560 LRR_1 429-451 aa PF13855 LRR_8 429-488 aa PF00560 LRR_1 453-475 aa PF00560 LRR_1 480-499 aa PF00069 Pkinase 652-912 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 653-915 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776403.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 25 65 5.6e-08 33.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 116 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 118 177 8.8e-42 141.4 Leucine rich repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 140 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 142 163 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 185 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 236 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 240 259 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 286 307 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 333 355 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 381 403 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 401 513 2.5e-32 112.7 Leucine-rich repeat region
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 406 425 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 451 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 429 488 8.8e-42 141.4 Leucine rich repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 453 475 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 480 499 2e-54 170.4 Leucine Rich Repeat
XP_057776403.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 652 912 3.3e-43 148.7 Protein kinase domain
XP_057776403.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 653 915 1.1e-40 140.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920420.1
GAAAGCTGAGCTGAGAGAGGGGTTTTGAAAAATATTTAATTTTGTGATGTGGGATCCTTTTAGATTTTACTTACTTGTATTTACATGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGGGAGGGGAGTATTGATGAGAAAGAAGTGGCAAGTGAGAGCTGTAATGTATTGTTGCAGCAGGCCTAGTACCAGAAACTTGGCAGAAGGTTTTTTAACCTTTTCTCTCTTGAAAATAATTCACGATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995227
ATGGCTAGTTCTTGCAAAAGATTTGTTCTTGGATTTGTGGTGGTGTTGCTGAGCTTTGCTTCGGTTGAGTGTGATGGTGATGGTATTGTTTTGCTGGAGATAAAGAAATCATTCAGAGATGTGGATAATGTGCTGTATGACTGGACTGACACTCCATCTTCAGACTATTGTGTTTGGAGAGGAATCGGTTGTGATAATGTCACCTTCAATGTGGTTGCTCTTAATCTTTCAGGCTTGAATCTTGATGGAGAAATTTCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776403.1
MASSCKRFVLGFVVVLLSFASVECDGDGIVLLEIKKSFRDVDNVLYDWTDTPSSDYCVWRGIGCDNVTFNVVALNLSGLNLDGEISPAIGQLKSLVSIDLRGNRLCGQIPDEIGDCSALQSLDLSFNELFGDIPFSISKLKQLETLILKNNQLIGPIPSTLSQIPNLKILDLAQNRLSGEIPRLLYWNEVLQYLGLRGNNLQGSLSPDMCQLTGLWYFDVRNNSLSGPIPENIGNCTAFQVLDLSYNNFTGDIPFNIGFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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