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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004667

染色体: Chr07 坐标: 59580274-59586853 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004667
名称SmilChr07G004667
描述cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59580274 - 59586853 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995238
GeneID130995238
locus_tag-
NCBI NameLOC130995238
原始查询LOC130995238

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]
产物cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]
ArabidopsisAT4G32410 (CESA1)
cellulose synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829376]
identity=87.7; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0176100 (OsCesA1)
-
identity=85.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009833 (plant-type primary cell wall biogenesis); GO:0016760 (cellulose synthase (UDP-forming) activity); GO:0030244 (cellulose biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF03552 (Cellulose_synt); PF13632 (Glyco_trans_2_3); PF14569 (zf-UDP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057776427.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057776427.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776428.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776427.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776427.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59580507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr7:59580558 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr7:59580558 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr7:59580563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr7:59581167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:59581216 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B104,B118,B15,B32,B63,B67,B83,C28
Chr7:59581217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B137
Chr7:59581233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C82
Chr7:59581256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,C1,C7,D8
Chr7:59581287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B126,B135,B20,B66
Chr7:59581404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:59581435 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776427.1
1083 aa
N
1
542
1083
zf-UDP
Cellulose_synt
Glyco_trans_2_3
C
PF14569 zf-UDP 30-104 aa PF03552 Cellulose_synt 356-1074 aa PF13632 Glyco_trans_2_3 771-879 aa
XP_057776428.1
856 aa
N
1
428
856
Cellulose_synt
Glyco_trans_2_3
C
PF03552 Cellulose_synt 129-847 aa PF13632 Glyco_trans_2_3 544-652 aa
XP_057776430.1
856 aa
N
1
428
856
Cellulose_synt
Glyco_trans_2_3
C
PF03552 Cellulose_synt 129-847 aa PF13632 Glyco_trans_2_3 544-652 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776427.1 Pfam PF14569 zf-UDP Domain 30 104 9.4e-42 141.7 Zinc-binding RING-finger
XP_057776427.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 356 1074 0 1362.9 Cellulose synthase
XP_057776427.1 Pfam PF13632 Glyco_trans_2_3 Domain 771 879 1.4e-07 32.2 Glycosyl transferase family group 2
XP_057776428.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 129 847 0 1363.9 Cellulose synthase
XP_057776428.1 Pfam PF13632 Glyco_trans_2_3 Domain 544 652 9.9e-08 32.7 Glycosyl transferase family group 2
XP_057776430.1 Pfam PF03552 Cellulose_synt Domain 129 847 0 1363.9 Cellulose synthase
XP_057776430.1 Pfam PF13632 Glyco_trans_2_3 Domain 544 652 9.9e-08 32.7 Glycosyl transferase family group 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920444.1
ATGTGTTAAATGAAGTGTAACTGAAGACTGAAGAGAGAGTGAGAGAGAGTGATGGCCGATTGATCGATTCTAAGGATCAGTGGCAATGCCCTATTCTTTCGGGAAAAATATTTCATTGTAATATTTGGCGTGAAGATTTTTATTCAACAAAAATAAAGCTCATAATTTTAAAGAAATTCAGTCTTATACTATTATTTGAAAGTAAGATACATGGAGGCAAATGCAGGACTGGTGGCTGGATCGCACAAGAGGAATGAGCT...
XM_057920445.1
CCATGGAAGTCAAGCTATGAAATAAAAGAAGTCTTTCTCTTTCAGAAAGACTTGTGTAGGATTTTGGCTGGAAATTTAGCGGCACTGATTGCCGTTTGAACAGAGAGAGTTCCTCTTCTGTATCCGGTGAGATTCCTCCTTCTACGCAAGACACACATTCTGTCAGAAGTATCTCGGGACCTTTGGGAACGGGAGACCGCATTCACTCCCTTCCTTATGTTGATCCACGGCAGCCAGTTCCTGTCAGAATCGTTGACCCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995238
ATGGAGGCAAATGCAGGACTGGTGGCTGGATCGCACAAGAGGAATGAGCTTGTCAGAATTCGCCAAGATTCTGATAGTGGGGCAAAGCCCTTGAAGAATAATGGCCAGATATGCCAAATATGTGGAGATACTGTTGGAGTGACTGCGGCCGGCGACTTATTTGTCGCCTGCAACGAATGTGCTTTTCCAGTTTGCCGAGCTTGTTATGAGTACGAGCGGAAAGATGGAAACCAGTCGTGCCCCCAGTGTAAGACTAGGTA...
LOC130995238
ATGGGACAGACGACAAACAGATACGCTGAAGGGAAAGGAGACATTGAGGGCACAGGTTCAAACGCAGACGAACTTCCAATGGCTGGTGATATTCGCCAACCTATGAGCCGTGTCGTGCCCATTTCTTCTTCTCATATTACTCCTTATCGTGTTGTAATCATCCTTCGGCTGATCATCTTGGGGTTTTTCTTGCAATACCGTTGTACTCATCCGGTGAAAGATGCGTATCCTTTGTGGCTTACATCAGTTATCTGTGAGGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776427.1
MEANAGLVAGSHKRNELVRIRQDSDSGAKPLKNNGQICQICGDTVGVTAAGDLFVACNECAFPVCRACYEYERKDGNQSCPQCKTRYKRHQGCPRVEGDDEEDDIDDLENELSYTQGKLKARSQWHGDDAELSASSRRESQRPIPLLTNGQSVSGEIPPSTQDTHSVRSISGPLGTGDRIHSLPYVDPRQPVPVRIVDPSKDLNSYGLGNVDWKERIEGWKLKQDKNMGQTTNRYAEGKGDIEGTGSNADELPMAGDIRQ...
XP_057776428.1
MGQTTNRYAEGKGDIEGTGSNADELPMAGDIRQPMSRVVPISSSHITPYRVVIILRLIILGFFLQYRCTHPVKDAYPLWLTSVICEVWFAFSWLLDQFPKWYPVNRETFLERLALRYEREGEPSQLAPVDVFVSTVDPMKEPPLVTANTVLSILSVDYPVDKVSCYVSDDGAAMLTFEALSETAEFARKWVPFCKKHHIEPRAPEFYFAQKIDYLKDKIQPSFVKERRTMKREYEEFKVRINALVAKAQKMPEEGWAMQD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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