Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004668`

染色体: Chr07 坐标: 59613616-59615456 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004668`
名称	SmilChr07G004668
描述	uncharacterized protein At2g34160-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59613616 - 59615456 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995240`
GeneID	`130995240`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995240`
原始查询	`LOC130995240`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G34160` (AT2G34160) Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977] identity=73.6; qcov=0.93; evalue=3.78e-53; confidence=high
Rice	`Os06g0602600` - identity=72.3; qcov=0.886; evalue=5.22e-51; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF01918 (Alba)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776432.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057776432.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057776432.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057776432.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776432.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59614933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B30,C30
`Chr7:59615262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B52,B88,C43
`Chr7:59615269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776432.1

114 aa

114

Alba

PF01918 Alba 8-59 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776432.1`	Pfam	`PF01918`	Alba	Domain	8	59	3.5e-12	46.6	Alba

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920449.1
GGAAAAACAGTTCAGAGATTTATGATAAGGCTAGTGTATAAAAGTGAAAAGTAACCTATATTTTTTAGGGAATATATATATTTTTTAAAAAGTTTTTAAAAAAGTCATTTAACAACCAGAGAGATTTCTGCATTTGAAGAGGTCTATTGAGACTCTGAGTGAGAGAGAGAGAGATGGCAGAAGAAATGAGGAAAAACAGAATTCAAGTCTCCAACTCCAAAAAATCCCTCTTCTTCTACGTCAATCTCTCCAAGAGGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995240
ATGGCAGAAGAAATGAGGAAAAACAGAATTCAAGTCTCCAACTCCAAAAAATCCCTCTTCTTCTACGTCAATCTCTCCAAGAGGTACTTGCAGCAGTACAACGATGTGGAGCTCTCTGGTCTTGGAATGGCTATTTCCACTGTCGTGAGCATTGCTGAAATTTTGAAGAACAACGGATTCGCCATTGAGAAAAAGATCAGGACGCTGACGGTTGACATGAGAGATGATCCGGAAGCGCGGCCGTTTCCCAAGGCAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776432.1
MAEEMRKNRIQVSNSKKSLFFYVNLSKRYLQQYNDVELSGLGMAISTVVSIAEILKNNGFAIEKKIRTLTVDMRDDPEARPFPKAKIEILLGKSENFDELMAAEEEEEEGGGED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器