同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004693

染色体: Chr07 坐标: 59846680-59850226 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004693
名称SmilChr07G004693
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-5
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59846680 - 59850226 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995261
GeneID130995261
locus_tag-
NCBI NameLOC130995261
原始查询LOC130995261

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-5
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-5
ArabidopsisAT4G32300 (SD2-5)
S-domain-2 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829365]
identity=63.03; qcov=0.972; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs06g0494100 (Pi-d2)
-
identity=57.95; qcov=0.99; evalue=0.0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01453 (B_lectin); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08276 (PAN_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995261

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59846844 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr7:59846844 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr7:59846892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C18,C49
Chr7:59846913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr7:59847106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,C28,C70,D11,D7
Chr7:59847183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B8,C70
Chr7:59847189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C46,D6
Chr7:59847405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr7:59847573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B87,B94,C51
Chr7:59847618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr7:59847626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,D3
Chr7:59847749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776472.1
816 aa
N
1
408
816
B_lectin
PAN_2
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 81-167 aa PF08276 PAN_2 353-387 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 495-760 aa PF00069 Pkinase 496-760 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776472.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 81 167 3.4e-22 79.6 D-mannose binding lectin
XP_057776472.1 Pfam PF08276 PAN_2 Domain 353 387 0.00028 21.6 PAN-like domain
XP_057776472.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 495 760 1.3e-41 143.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057776472.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 496 760 5.3e-48 164.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920489.1
GTTTTTGGACAATAAAAAGTTAATGCCCACCTCAGATCTCTCCAAGCCTTTGACATAAGCAGAAACAGATTCATCTAATTCCCTTTGTTTGTTTCTGCCTTGCAATTTAGGGAAAAATAATTCACATATCTTCAAATCCCACTTCTATTTTTTTTTTCTTTTTCTTTCTAGTTTTCCTTCTCTGTCAAACTTATGCAAAAAAGACTCCATTTTTTGGTGGCTGCAATTCTGTGAATGTTTCAGAATTGTGGGGTTTCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057776472.1_40089
ATGGGAAATTGGGGGTTTTCTTGCATCTCAATCATGTCTCTGTTGCTGCTGGGAATCTGCAATGGGAGTGTGCAACGTATAGGGAAATTAGATCTAGGATTCAAAGGGTCTCAAATGTATTACATAGACAACGATGGACTTTTTCTGTTGTCAAACAACTCGAATTTCGCCTTTGGCTTGACCACGACTGCTGCAGATGTCACTCAATTTCTCCTTGTTGTGATGCACAAGAGCAGCTCAACTATAGTCTGGGCTGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776472.1
MGNWGFSCISIMSLLLLGICNGSVQRIGKLDLGFKGSQMYYIDNDGLFLLSNNSNFAFGLTTTAADVTQFLLVVMHKSSSTIVWAANRDSPVRNSDNFQLDDSGNAFLQSGGSTIWSSDTGNKGVSAMQLLDNGNLVLVGSDSDDGSFIWQSFSHPTNTLLPNQEFSQGMRLISDRGSSNLTFSLEIKAGDMALSAGFHPPQPYWSMGRDSRITINKGLGAVTSAVISGNSWKFYDSSKVLLWQFIFSESSSGNATWIAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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