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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004696

染色体: Chr07 坐标: 59884053-59887861 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004696
名称SmilChr07G004696
描述uncharacterized SmilChr07G004696
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59884053 - 59887861 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995265
GeneID130995265
locus_tag-
NCBI NameLOC130995265
原始查询LOC130995265

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述electron carrier/iron ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840167]; symbol=AT1G32730; hit=AT1G32730; species=arabidopsis; confidence=high
产物electron carrier/iron ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840167]; symbol=AT1G32730; hit=AT1G32730; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G32730 (AT1G32730)
electron carrier/iron ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840167]
identity=46; qcov=1.04; evalue=2.11e-92; confidence=high
RiceOs08g0129500 (P0582D05.115)
-
identity=39.8; qcov=1.12; evalue=5.27e-77; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776479.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776479.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776479.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776479.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776479.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59884264 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 97 A13,A15,A16,A19,A22,A24,A25,A4,A5,A8,A9,B1,B105,B115,B118,B119,B120,B123,B125,B128,B132,B133,B138,B18,B19,B21,B22,B24,B27,B28,B33,B34,B35,B36,B37,B40,B45,B50,B52,B54,B58,B59,B64,B65,B67,B71,B74,B77,B78,B79,B84,B86,B9,B93,B95,C12,C13,C15,C16,C19,C2,C21,C23,C24,C29,C30,C32,C33,C42,C44,C45,C5,C53,C57,C60,C62,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D7
Chr7:59884316 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr7:59884316 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr7:59884354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:59884383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B137,B62
Chr7:59884421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C28
Chr7:59884457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B54
Chr7:59884570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr7:59884579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C28
Chr7:59884582 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 133 A10,A11,A13,A16,A18,A19,A22,A25,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B105,B107,B108,B113,B117,B118,B119,B12,B123,B127,B128,B129,B13,B133,B137,B138,B14,B16,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B25,B28,B29,B3,B30,B33,B35,B36,B37,B40,B42,B43,B44,B45,B5,B50,B52,B54,B59,B60,B62,B63,B64,B65,B7,B71,B74,B77,B78,B79,B80,B81,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B93,B97,B98,C10,C12,C13,C15,C16,C19,C2,C23,C26,C28,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C4,C40,C45,C46,C48,C5,C57,C60,C62,C64,C65,C66,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D6,D7
Chr7:59884653 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B6,C67
Chr7:59884653 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B6,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920496.1
AACTGATATAGTCATTTATAAATCATCAGGAGAATTGTATAATGATTTAATCCCCGCCGGATTTCATGGCGGCCTCATCCCCAGTCAAGAGCAGCAGCGGCGCCACCGACGTCTCCGCGCCGCCCTCCTCCAAGAGCCTCCGCGGCCTTAACAAACCCAAGTGCATCAAGTGCGGCAACGTGGCGCGCTCTAGATGTCCATATCAGTCATGCAAGAACTGCTGTGCAAAGGCACAAAATCCTTGTCATATACATGTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995265
ATGGCGGCCTCATCCCCAGTCAAGAGCAGCAGCGGCGCCACCGACGTCTCCGCGCCGCCCTCCTCCAAGAGCCTCCGCGGCCTTAACAAACCCAAGTGCATCAAGTGCGGCAACGTGGCGCGCTCTAGATGTCCATATCAGTCATGCAAGAACTGCTGTGCAAAGGCACAAAATCCTTGTCATATACATGTTTTGAAAGGCAACTCATCCTTTCCAGACAAACCGCCCTCTACCAGCTCTCCTCTCTTTGACCAGCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776479.1
MAASSPVKSSSGATDVSAPPSSKSLRGLNKPKCIKCGNVARSRCPYQSCKNCCAKAQNPCHIHVLKGNSSFPDKPPSTSSPLFDQQSSEASHSGSFNRLRQLSNNFAQFSNLQTSFRSRKPLTKKDAEVINEWRFSKLKEFRDGNIEAESEAFDRYMQNVGLLEEVFQVSSEFDEQNNERMVHDLKLKLRSNPATTDNLRKRIQYIVDQGLKKAGKPDDASDTEGEGGTTKKIKSLQGEKATALTDLNDKLNKARNEDEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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