Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004707`

染色体: Chr07 坐标: 59943920-59946744 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004707`
名称	SmilChr07G004707
描述	GDT1-like protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59943920 - 59946744 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995275`
GeneID	`130995275`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995275`
原始查询	`LOC130995275`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDT1-like protein 1, chloroplastic
产物	GDT1-like protein 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G64150` (AT1G64150) Uncharacterized protein family (UPF0016) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842719] identity=75; qcov=0.713; evalue=5.77e-117; confidence=high
Rice	`Os01g0221700` - identity=72.3; qcov=0.613; evalue=2.93e-99; confidence=high
GO	GO:0005384 (manganese ion transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0015085 (calcium ion transmembrane transporter activity); GO:0032468 (Golgi calcium ion homeostasis); GO:0032472 (Golgi calcium ion transport); GO:0070588 (calcium ion transmembrane transport); GO:0071421 (manganese ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01169 (GDT1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057776490.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057776490.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057776490.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057776490.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776490.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59944107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr7:59944717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr7:59944770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr7:59944965`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B62,C70,D9
`Chr7:59944985`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B93,D1,D9
`Chr7:59944986`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,B99
`Chr7:59945083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C69
`Chr7:59945097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B62,C70,D9
`Chr7:59945098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C39,D4
`Chr7:59945432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:59945683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B25,C35,C77
`Chr7:59945837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776490.1

359 aa

180

359

GDT1

PF01169 GDT1 148-242 aa PF01169 GDT1 275-356 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776490.1`	Pfam	`PF01169`	GDT1	Domain	148	242	8.4e-41	138.8	Divalent cation/proton antiporter GDT1
`XP_057776490.1`	Pfam	`PF01169`	GDT1	Domain	275	356	8.4e-41	138.8	Divalent cation/proton antiporter GDT1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920507.1
ACTTTGCATTCACCATTTTTCTTCCTCAAATCAACACATACTCCATTCCATGCCTTCTTGTCCCAAACCATTCTTTCCTTCTTCCTTATTCTTTCCAAAAATACTACTATAAATCTTGATTTTTATTATTTTATTTTAGTTTGAAACTGATAAAGAATGGACTACACTCTATCTGGGGCTCGCTTGACTACCTTCCCATGGAGCTCTCTTGCTGATCCCACCTTCAATTTCTTCTTCCCTCCACTTTTCCATTCAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995275
ATGGACTACACTCTATCTGGGGCTCGCTTGACTACCTTCCCATGGAGCTCTCTTGCTGATCCCACCTTCAATTTCTTCTTCCCTCCACTTTTCCATTCAAGGAAGAGTTTTGCCGGGAAGTCGTCTTCACACAGTTCTCGGGTCTCACCTTTCACGATTTCTGCATCAGATAAGGAATTTAAGCCAAGGAAGGAGAAATGTTACAGCTTTAGCAGTAAAATCTGTACCTCTCCTGGAAAATTTACATTTCAGCACAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776490.1
MDYTLSGARLTTFPWSSLADPTFNFFFPPLFHSRKSFAGKSSSHSSRVSPFTISASDKEFKPRKEKCYSFSSKICTSPGKFTFQHKPRKKHGTLLNHGDEDAPSFSFLKILLTSGFFTFLTTQQALAASDVASTFPFLGDAGDLSTGFASAFLLIFFSELGDKTFFIAALLAARNSAAVTFIGTFGALAVMTVISVVLGRTFHYVDDILPFRLGNADLPLDDLAAVCLLVYFGVSSLLDASTGDGLKAEEQKEAELAVSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器