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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004712

染色体: Chr07 坐标: 59980028-59982365 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004712
名称SmilChr07G004712
描述probable glycosyltransferase At5g20260
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59980028 - 59982365 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995279
GeneID130995279
locus_tag-
NCBI NameLOC130995279
原始查询LOC130995279

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase At5g20260
产物probable glycosyltransferase At5g20260
ArabidopsisAT5G20260 (AT5G20260)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832148]
identity=55.8; qcov=0.907; evalue=1.12e-154; confidence=high
RiceOs02g0613100
-
identity=56.4; qcov=0.851; evalue=1.15e-146; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057776495.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776495.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776495.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776495.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776495.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59980398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:59980492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B49,C20,C56,D9
Chr7:59980616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr7:59980696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:59980841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B38,B39,C1
Chr7:59981024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C17
Chr7:59981066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B115,B14,C26,C8
Chr7:59981103 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C47
Chr7:59981103 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C47
Chr7:59981120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr7:59981933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:59982169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776495.1
429 aa
N
1
214
429
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 102-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776495.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 102 378 6.7e-61 206.9 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920512.1
TTCTCCATCACACTAATTACTACTACTCTCTCTCTCTCATCTCATATATATGGATTCAGAGAGTTGTAAAATGGCAAGTCGGTAGATATGGAAAAATCAAAATTTGGAGTCTTGTATCCTTCTATTTTTCTCATTCTCTTCATTTCATTCCTCAATTTTCACTTCCATTTCCTCTCTTCTTGGCCCTCTACTCTTACTTATAATCACAACCAGATAAGAGTGGGGAAAATAGAGCAAGAACTGAGTGAAGCTCGAGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995279
ATGGAAAAATCAAAATTTGGAGTCTTGTATCCTTCTATTTTTCTCATTCTCTTCATTTCATTCCTCAATTTTCACTTCCATTTCCTCTCTTCTTGGCCCTCTACTCTTACTTATAATCACAACCAGATAAGAGTGGGGAAAATAGAGCAAGAACTGAGTGAAGCTCGAGCAGCCATTCTTGAAGCTGCAAGAAGACGCACTTACAACATCTTGAATAATAATCACAACCACACTACCAATTACTTCATTCCAAGAGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776495.1
MEKSKFGVLYPSIFLILFISFLNFHFHFLSSWPSTLTYNHNQIRVGKIEQELSEARAAILEAARRRTYNILNNNHNHTTNYFIPRGSIYRNPYAFHQSYIEMEKRFKIWVYKEGEPPLFHLGPSKNIYSTEGHVISELHRSRLSAAHPDDAHAFLLPVSVTNIVHYLYRPHGDYHRSRLRTVVRDYVTVVARNHPYWNRSSGADHFLVSCHDWGPYATAGGLFDHLIRVLCNANVSEGFQPRRDATLPEINVPASALNQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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