当前解析结果
SmilChr01G003702| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003702 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003702 |
| 描述 | bZIP transcription factor 60 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55403087 - 55405519 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995323 |
|---|---|
| GeneID | 130995323 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995323 |
| 原始查询 | LOC130995323 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 60 |
| 产物 | bZIP transcription factor 60 |
| Arabidopsis | AT1G42990 (BZIP60)basic region/leucine zipper motif 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840897] identity=36.1; qcov=0.948; evalue=2.27e-19; confidence=low |
| Rice | Os06g0622700 (BZIP50)- identity=47; qcov=0.514; evalue=2.2e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995323 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776557.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776557.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776557.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776557.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057776557.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55403336 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A8,B104,B2,B24,B79,B83,C39,C48,C59,C8,D1,D7 |
Chr1:55404890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C53 |
Chr1:55404919 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:55405010 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C25 |
Chr1:55405290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,A15,B139 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776557.1PF07716
bZIP_2 145-188 aa
PF00170
bZIP_1 146-190 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776557.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 145 | 188 | 1.5e-05 | 25.6 | Basic region leucine zipper |
XP_057776557.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 146 | 190 | 3.1e-07 | 31.1 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。