Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001637`

染色体: Chr07 坐标: 13809105-13813131 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001637`
名称	SmilChr07G001637
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30780-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	13809105 - 13813131 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995340`
GeneID	`130995340`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995340`
原始查询	`LOC130995340`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30780-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30780-like
Arabidopsis	`AT2G30780` (AT2G30780) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817629] identity=48.7; qcov=0.82; evalue=4.22e-143; confidence=high
Rice	`Os05g0407900` (P0040B10.10) - identity=42.8; qcov=0.843; evalue=9.66e-98; confidence=medium
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995340

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057776572.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776572.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776572.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776572.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776572.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:13811564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776572.1

516 aa

258

516

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR

PF13041 PPR_2 187-233 aa PF01535 PPR 189-216 aa PF13812 PPR_3 190-234 aa PF01535 PPR 224-252 aa PF01535 PPR 299-318 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776572.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	187	233	2.2e-16	60.4	PPR repeat family
`XP_057776572.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	189	216	3.4e-11	43.3	PPR repeat
`XP_057776572.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	190	234	9.4e-13	48.8	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057776572.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	224	252	3.4e-11	43.3	PPR repeat
`XP_057776572.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	299	318	3.4e-11	43.3	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009092129.1
CCCGAAAACAATTTTTTTCTTTCTTGCTGTTGTCTCTGTCTCTCTCTCGTGATGTCGATTTCCCCTAAACCCCATCAAAAACCCTTACCTCGTCAGTGGGAAGGCGGATAAAAATGCGTTAAGTTCATTCCTTTATCAGCTAATCTACAATGAAACGAGCATACAAGCTTGCCGAATTGCGGACATGTTTGGCTACACCCCGTATCTCCCACTACCACCATGAGAGAATCGCTAAACCTTCTGCCCCGATTCGTTTTATT...

XM_057920589.1
CCCGAAAACAATTTTTTTCTTTCTTGCTGTTGTCTCTGTCTCTCTCTCGTGATGTCGATTTCCCCTAAACCCCATCAAAAACCCTTACCTCGTCAGTGGGAAGGCGGATAAAAATGCGTTAAGTTCATTCCTTTATCAGCTAATCTACAATGAAACGAGCATACAAGCTTGCCGAATTGCGGACATGTTTGGCTACACCCCGTATCTCCCACTACCACCATGAGAGAATCGCTAAACCTTCTGCCCCGATTCGTTTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995340
ATGAAACGAGCATACAAGCTTGCCGAATTGCGGACATGTTTGGCTACACCCCGTATCTCCCACTACCACCATGAGAGAATCGCTAAACCTTCTGCCCCGATTCGTTTTATTTGTCAAGATACAACTCAAACGCCTTCCAGCGATGGGGAGAAAAGGAAGTTTGGGGATTTAGCATCTTTATTCCAAGATAAATTAATTTGTAAGCGAGCGGAGGTGAATGGGGGAAAATATTTAAAAGAGACGGTTGCCGAATTGAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776572.1
MKRAYKLAELRTCLATPRISHYHHERIAKPSAPIRFICQDTTQTPSSDGEKRKFGDLASLFQDKLICKRAEVNGGKYLKETVAELKHEILAQEEDVEKIDNILEEKGVALFRRYYDGSAIIELLKQLQSFPSVAMEVLGWRRKQLDYASPMTTAEYSIGIAIAGRMNKLDVAVELFKEACNKQLKGTSLYNALMSTYMKSGQSVKCQSVFRDLKKDSACTPSIITYNILISSFGHLMLVDHMEATFRELNDLNIKPTIHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器