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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001646

染色体: Chr07 坐标: 13888589-13891865 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001646
名称SmilChr07G001646
描述uncharacterized protein Os08g0359500-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向13888589 - 13891865 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995347
GeneID130995347
locus_tag-
NCBI NameLOC130995347
原始查询LOC130995347

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0359500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0359500; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G02450 (AT4G02450)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828006]
identity=66.4; qcov=0.539; evalue=1.96e-54; confidence=medium
RiceOs08g0359500
-
identity=68.7; qcov=0.565; evalue=3.95e-65; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding); GO:0051131 (chaperone-mediated protein complex assembly); GO:0051879 (Hsp90 protein binding)
KEGG-
PfamPF04969 (CS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776583.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776583.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776583.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057776583.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776583.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:13888852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B61,B77
Chr7:13888918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr7:13888926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B55,C25,C33,C37
Chr7:13889917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A8,B104,B133
Chr7:13890252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:13890690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776583.1
232 aa
N
1
116
232
CS
C
PF04969 CS 5-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776583.1 Pfam PF04969 CS Domain 5 81 8.2e-09 37.0 CS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920600.1
ATTTCATATCACTATGTCATCAGATGTTTTGGGCAATAGTTAGTGTTAGGATATTTATATTTACTGTTTCTTTTTTATGTTATTATTAATTATTAATATCAATAAATAGTAAGATCCACGTGTGAGGGTTTACTCGCTTCCAAAATATATTCGCTTCGAGGGTTTAAAAGGAGCAGTTGAGAGCAGCTACTTTGCTACGCTCTTTACTTTCTCTCTCCATTTCTTCGTCTTCTAGGGTTTCTACTACCTCTCTCTGTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995347
ATGAGCCGACACCCTGAAGTAAAATGGGCCGAAAGGGAGGACAAGATCTATCTCACAGTGCTCCTGGCAGATGCGAAAGACCCTAAGGTCAATGTTGACCCCGATGGTACATTTACATTTTCTGCTGCTGCTGGGACTGACAGTAACATTTATGAACTCAAGTTGGAGCTACTTGATAAAATTAATGCCGAGGAAAGCAAGATAAACATAGGCGTGCGCAACATATTCTGTGTATTGGAGAAAGCTGAGAAGAAATGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776583.1
MSRHPEVKWAEREDKIYLTVLLADAKDPKVNVDPDGTFTFSAAAGTDSNIYELKLELLDKINAEESKINIGVRNIFCVLEKAEKKWWTKLLRGNEKTPHYVKVDWDKWVDEDDDAGAPSDLDLGGMDFSKFGDMGGMGGMGGMGGMGGMGGMGGMGGMGGMDMSALAGMGGMGGMGGMDMSALAGMGGIEDDAMGDDFEDSDDEEVKKPEGEAVHKAEGEASKDKAEPLPSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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