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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001671

染色体: Chr07 坐标: 14180925-14186035 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001671
名称SmilChr07G001671
描述magnesium/proton exchanger-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14180925 - 14186035 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995371
GeneID130995371
locus_tag-
NCBI NameLOC130995371
原始查询LOC130995371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述magnesium/proton exchanger-like
产物magnesium/proton exchanger-like
ArabidopsisAT2G47600 (MHX)
magnesium/proton exchanger [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819373]
identity=68.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0660000 (OsMHX)
-
identity=68.2; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0030001 (metal ion transport); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01699 (Na_Ca_ex)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776623.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057776623.1
3 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057776623.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057776623.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14182071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr7:14182183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B73
Chr7:14183843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:14185289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B73,C27
Chr7:14185674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776623.1
523 aa
N
1
262
523
Na_Ca_ex
Na_Ca_ex
C
PF01699 Na_Ca_ex 45-217 aa PF01699 Na_Ca_ex 352-515 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776623.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 45 217 1.2e-40 139.6 Sodium/calcium exchanger protein
XP_057776623.1 Pfam PF01699 Na_Ca_ex Family 352 515 1.2e-40 139.6 Sodium/calcium exchanger protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920640.1
TCAAACTGAACGTATGAGTTTTGCTGGTGGTGGGACCTTGTTTATTAAATGCCGTCAATTTATGATCTCATATGTAAATTGTTAGTCAGATTAAGAGCGTGCGGTTTCTGTGGCTGTTTGCGCATCAGGTACACTTTACACTAGTTGTTAAGGAGGAAAGACTGATGCCATGGTTGAGCTGTGAAATCTGAACTATTTAATTAATTTAGATGGCCCCACTAAATAATAGCAGTTCGGAGAGCATGCATGGAGGTTCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995371
ATGGCCCCACTAAATAATAGCAGTTCGGAGAGCATGCATGGAGGTTCCAATACCTTTGGCCATGAGAAATGCCATTTTTATTTGCTTTTCCATTATGAGACCACACTTGACCTTGGTTTGAGGGGCTTCTTATATTTCCTGGCTCTTGCATACTGTTTTATTGGATTATCAGCTATTACTGATCGTTTTTTCCGGTCCATGGAAACTGTGGTCAAGCAATCTCGAGCTGTGGAAGAGATAGATCCTAGTACTAATGCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776623.1
MAPLNNSSSESMHGGSNTFGHEKCHFYLLFHYETTLDLGLRGFLYFLALAYCFIGLSAITDRFFRSMETVVKQSRAVEEIDPSTNAKVVQNKKVWNYAVADIALLAFGTSFPQISLATIDAIRNIGQLYAGGLGPGTLVGSAAFDLFPIHAVCVVVPKAGELKKIADIGVWLVGLFWSFWAYIWLYIILKIWTPNVITLWEALFTVVQYGLLLIHAYAQDKRWPYVSLPMKRDERPEDWVPEKTPRCRKGDEAPHKYSGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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