当前解析结果
SmilChr07G001671| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001671 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001671 |
| 描述 | magnesium/proton exchanger-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 14180925 - 14186035 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995371 |
|---|---|
| GeneID | 130995371 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995371 |
| 原始查询 | LOC130995371 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | magnesium/proton exchanger-like |
| 产物 | magnesium/proton exchanger-like |
| Arabidopsis | AT2G47600 (MHX)magnesium/proton exchanger [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819373] identity=68.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0660000 (OsMHX)- identity=68.2; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0030001 (metal ion transport); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01699 (Na_Ca_ex) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995371 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057776623.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057776623.1 |
| 3 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.20000 | XP_057776623.1 |
| 4 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.20000 | XP_057776623.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776623.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:14182071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr7:14182183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,B73 |
Chr7:14183843 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:14185289 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,B73,C27 |
Chr7:14185674 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776623.1PF01699
Na_Ca_ex 45-217 aa
PF01699
Na_Ca_ex 352-515 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776623.1 |
Pfam | PF01699 |
Na_Ca_ex | Family | 45 | 217 | 1.2e-40 | 139.6 | Sodium/calcium exchanger protein |
XP_057776623.1 |
Pfam | PF01699 |
Na_Ca_ex | Family | 352 | 515 | 1.2e-40 | 139.6 | Sodium/calcium exchanger protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。