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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001696

染色体: Chr07 坐标: 14383815-14386034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001696
名称SmilChr07G001696
描述probable galacturonosyltransferase-like 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14383815 - 14386034 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995393
GeneID130995393
locus_tag-
NCBI NameLOC130995393
原始查询LOC130995393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable galacturonosyltransferase-like 7
产物probable galacturonosyltransferase-like 7
ArabidopsisAT3G62660 (GATL7)
galacturonosyltransferase-like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825440]
identity=80.1; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0300900
-
identity=77.8; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01501 (Glyco_transf_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057776645.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057776645.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776645.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776645.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776645.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14384392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B77,B78
Chr7:14384409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:14384492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B66
Chr7:14384577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:14384591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:14384717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B72,B84,C25,C83
Chr7:14384744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B128
Chr7:14384848 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 252 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr7:14384850 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 252 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr7:14384853 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 252 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr7:14384922 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 126 A10,A15,A2,A22,A23,A3,A6,A8,A9,B10,B100,B103,B11,B112,B113,B118,B119,B12,B120,B123,B127,B130,B132,B135,B139,B14,B16,B17,B2,B20,B22,B23,B25,B28,B29,B30,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B48,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B66,B67,B69,B7,B74,B75,B77,B78,B8,B80,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C1,C12,C13,C23,C25,C26,C27,C28,C31,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C41,C44,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C54,C57,C60,C63,C66,C69,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D2,D3
Chr7:14384929 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 125 A10,A15,A2,A22,A23,A3,A6,A8,A9,B10,B100,B11,B112,B113,B118,B119,B12,B120,B123,B127,B130,B132,B135,B139,B14,B16,B17,B2,B20,B22,B23,B25,B28,B29,B30,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B48,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B66,B67,B69,B7,B74,B75,B77,B78,B8,B80,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C1,C12,C13,C23,C25,C26,C27,C28,C31,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C41,C44,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C54,C57,C60,C63,C66,C69,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D2,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776645.1
363 aa
N
1
182
363
Glyco_transf_8
C
PF01501 Glyco_transf_8 85-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776645.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 85 340 5.6e-57 193.9 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920662.1
TTACCAAATAATCCATTTATAATAGATTAATAAAAAGCTCCACGATTTTGGCCTCTTTTTCCTATGGTGGAAAACTCAGCAAAAAAAGCCTGAAAGAAAACAAAACAAAAGCTAAAAACCCAAAATACATACTCTCCATCTCTCTTTTATCTCTCGTTTAAGCCTCTGCTTTACTGCTTCACCTTCTCCAAAGGAGAGAGAGAAAGAGTGTGAGAGAGAGAGAGTGACTGCGGGGCACGTCGGCGCTTCGCTTTTATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995393
ATGCTGTGGATAATGAGGTTTTCCGGATTCTTTTCGGCGGCGATGGTGATGATTGTGCTATCCCCCTCACTTCAGTCCTTCCCGCCGGCGGAGGCGATTCGGTCCTCGCACGACGATTCGGTGCTCAGATTCTCCACGCCGACGCATTCCGGCGACACATTCTCCTTCCGCCGCTCGCCGGCGTTCCGCAATGCCGGCGACTGCCGGTCTCCTAAGGTGGCGAATTACAGCGTCTGCGATCCGTCGCTTGTCCACGTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776645.1
MLWIMRFSGFFSAAMVMIVLSPSLQSFPPAEAIRSSHDDSVLRFSTPTHSGDTFSFRRSPAFRNAGDCRSPKVANYSVCDPSLVHVAITLDVEYLRGSVAAVHSVLQHAKCPESVFFHFLVAEIGLETLVRSTFPELKFKVYYFDPERVRDLISSSVRQALEQPLNYARNYLADLLEACVLRVIYLDSDLVVVDDISKLWSTKLGRKTIGAPEYCHANFTKYFTAYFWSNNRFSGVFSGRNPCYFNTGVMVMDLGKWRRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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