Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001712`

染色体: Chr07 坐标: 14501095-14502625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001712`
名称	SmilChr07G001712
描述	uncharacterized SmilChr07G001712
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	14501095 - 14502625 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995404`
GeneID	`130995404`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995404`
原始查询	`LOC130995404`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stress response NST1-like protein (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825437]; symbol=AT3G62630; hit=AT3G62630; species=arabidopsis; confidence=high
产物	stress response NST1-like protein (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825437]; symbol=AT3G62630; hit=AT3G62630; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G62630` (AT3G62630) stress response NST1-like protein (DUF1645) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825437] identity=51.2; qcov=1.08; evalue=4.96e-83; confidence=high
Rice	`Os03g0303100` - identity=40.6; qcov=1.06; evalue=2.36e-47; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07816 (DUF1645)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057776657.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057776657.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057776657.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776657.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776657.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:14501288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr7:14501368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B128,C50
`Chr7:14501487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C2
`Chr7:14501490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501525`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B35,B93,B95,C55,C80,C84,D10
`Chr7:14501539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr7:14501546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr7:14501547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776657.1

347 aa

174

347

DUF1645

PF07816 DUF1645 99-315 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776657.1`	Pfam	`PF07816`	DUF1645	Family	99	315	3.3e-40	139.5	Protein of unknown function (DUF1645)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920674.1
AGGTAAAATTATTTTTATAAGAGGCAAGAAGAAAACAGAAAGAGAGCACCATTGTCAGGACTCACTGCACCTCCCTCGTTGTTCAGACTTCAGAGCGCACTCTGCTTTCCTGCGTCACAATAATTACGTGTCCAACAAGATTCCTTTCACTACTCTCTCTCTCTATACAACAATGCCGCCGCCCATCCCCGCCGTCGACCCGCCGCGCTACAGCGAAGACATCGACAGCACCTGCTCCACCCCCTTCGTCAGCGCCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995404
ATGCCGCCGCCCATCCCCGCCGTCGACCCGCCGCGCTACAGCGAAGACATCGACAGCACCTGCTCCACCCCCTTCGTCAGCGCCCCCTCCAGTCCCGGACACGGCCCCTCTGGCTACTTCTACAGCGCCCCTGCTAGCCCCATGCATTTCCTCCACACCAACACCAGATCCAAATCTCCTTCATCGGCTGATTACGAGGCCGTGTTCCTCTCCAGCGATTCCGGATCCTTCGAGTTCGAGTTCTCATCCAGGTTCTCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776657.1
MPPPIPAVDPPRYSEDIDSTCSTPFVSAPSSPGHGPSGYFYSAPASPMHFLHTNTRSKSPSSADYEAVFLSSDSGSFEFEFSSRFSPNGYGGIGSMTSADELFFNGQIRPMKLSSHLATPQDGFPPPSMDLDGGTASSRGRDLRLRGAKLANRRARSMSPLRFDQWRVAGGLDSQCASATVEEREAESGETTPSCSASSSRSSSSGRNSKKWIFLKDLLNRSKSEGRAHSKERFWSAISFSAAKEKKTPLVLSPSSSRDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器