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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001749

染色体: Chr07 坐标: 14824111-14825656 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001749
名称SmilChr07G001749
描述gluconokinase
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14824111 - 14825656 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995436
GeneID130995436
locus_tag-
NCBI NameLOC130995436
原始查询LOC130995436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gluconokinase
产物gluconokinase
ArabidopsisAT2G16790 (AT2G16790)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816180]
identity=56.6; qcov=0.972; evalue=2.2e-65; confidence=high
RiceOs06g0114650
-
identity=55.7; qcov=0.928; evalue=2.2e-54; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0046177 (GO:0046177); GO:0046316 (gluconokinase activity)
KEGGsmil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01202 (SKI); PF13238 (AAA_18); PF13671 (AAA_33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776696.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057776696.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776696.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776696.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776696.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14824955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B106,B26,B8,C45
Chr7:14824956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,C38,C39,C59,C86
Chr7:14824971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,C38,C39,C86
Chr7:14825015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr7:14825178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B10
Chr7:14825228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:14825258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B106,B26,C45
Chr7:14825268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C20
Chr7:14825288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B139,B87
Chr7:14825328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B18,B40,B42,B55
Chr7:14825348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B72,C13,C73,D7
Chr7:14825423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776696.1
180 aa
N
1
90
180
AAA_18
AAA_33
SKI
C
PF13238 AAA_18 9-133 aa PF13671 AAA_33 9-134 aa PF01202 SKI 16-133 aa
XP_057776697.1
180 aa
N
1
90
180
AAA_18
AAA_33
SKI
C
PF13238 AAA_18 9-133 aa PF13671 AAA_33 9-134 aa PF01202 SKI 16-133 aa
XP_057776698.1
180 aa
N
1
90
180
AAA_18
AAA_33
SKI
C
PF13238 AAA_18 9-133 aa PF13671 AAA_33 9-134 aa PF01202 SKI 16-133 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776696.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 9 133 7.2e-07 30.5 AAA domain
XP_057776696.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 9 134 4.3e-10 40.8 AAA domain
XP_057776696.1 Pfam PF01202 SKI Domain 16 133 8.2e-09 36.5 Shikimate kinase
XP_057776697.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 9 133 7.2e-07 30.5 AAA domain
XP_057776697.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 9 134 4.3e-10 40.8 AAA domain
XP_057776697.1 Pfam PF01202 SKI Domain 16 133 8.2e-09 36.5 Shikimate kinase
XP_057776698.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 9 133 7.2e-07 30.5 AAA domain
XP_057776698.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 9 134 4.3e-10 40.8 AAA domain
XP_057776698.1 Pfam PF01202 SKI Domain 16 133 8.2e-09 36.5 Shikimate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920713.1
TAATCCAATTATAATAGATATTTTTAATTTTGCTGCGTAGAAGCTGAGTTGGATGGAGACTAGTCGTCATTCACCTACTTGACCATTTCATCATTCAATACAACATAGTTGGCAAATTTATTACGCAACGCAAAACAGACCACCTTTCTTTCTTTCTCAAATTGAGGAGTAATTGGATGTTTTATATCCAATTCCATCGGATTTTAATACCTCAGTCTAGAATCCAATTCCTTGACATCAGATGGCATCCGATAAAGGCA...
XM_057920714.1
GGATTTTAATACCTCAGGTTCGTCAACAAGGATTTATGCCCTCATCTTCTTCTCTAGAATCCAATTCCTTGACATCAGATGGCATCCGATAAAGGCAAAGCTATAGTGGTTATGGGAGTGAGTGGTGCTGGAAAATCAACTATTGGGGCGATGCTGGCACAAGTGATGAATGCCCGTTTTCTTGATGCTGATGACTACCACCCACAGTCGAACAAAGACAAGATGAAGGGCGGGATCCCTCTTTCAGACGAAGATCGCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995436
ATGGCATCCGATAAAGGCAAAGCTATAGTGGTTATGGGAGTGAGTGGTGCTGGAAAATCAACTATTGGGGCGATGCTGGCACAAGTGATGAATGCCCGTTTTCTTGATGCTGATGACTACCACCCACAGTCGAACAAAGACAAGATGAAGGGCGGGATCCCTCTTTCAGACGAAGATCGCATCCCATGGCTTGAAACTCTACGCGATGCCTTAAGAGTAAGCTTGGAAAATGGGGAAACTGCCATTCTTGGATGTTCAGC...
LOC130995436
ATGGCATCCGATAAAGGCAAAGCTATAGTGGTTATGGGAGTGAGTGGTGCTGGAAAATCAACTATTGGGGCGATGCTGGCACAAGTGATGAATGCCCGTTTTCTTGATGCTGATGACTACCACCCACAGTCGAACAAAGACAAGATGAAGGGCGGGATCCCTCTTTCAGACGAAGATCGCATCCCATGGCTTGAAACTCTACGCGATGCCTTAAGAGTAAGCTTGGAAAATGGGGAAACTGCCATTCTTGGATGTTCAGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776696.1
MASDKGKAIVVMGVSGAGKSTIGAMLAQVMNARFLDADDYHPQSNKDKMKGGIPLSDEDRIPWLETLRDALRVSLENGETAILGCSALKKHYREILRCADAEYVGGAASCGVRFVLLSVDAEVLAARLEKREAHFMPPTLLTSQLDLLHIDESEGILKVDASLHPHQTLKAIQALLLHQS
XP_057776697.1
MASDKGKAIVVMGVSGAGKSTIGAMLAQVMNARFLDADDYHPQSNKDKMKGGIPLSDEDRIPWLETLRDALRVSLENGETAILGCSALKKHYREILRCADAEYVGGAASCGVRFVLLSVDAEVLAARLEKREAHFMPPTLLTSQLDLLHIDESEGILKVDASLHPHQTLKAIQALLLHQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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