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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001779

染色体: Chr07 坐标: 15080334-15086131 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001779
名称SmilChr07G001779
描述uncharacterized SmilChr07G001779
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15080334 - 15086131 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995465
GeneID130995465
locus_tag-
NCBI NameLOC130995465
原始查询LOC130995465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LUC7 N terminus domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835215]; symbol=AT5G51410; hit=AT5G51410; species=arabidopsis; confidence=high
产物LUC7 N terminus domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835215]; symbol=AT5G51410; hit=AT5G51410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G51410 (AT5G51410)
LUC7 N terminus domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835215]
identity=66.8; qcov=1; evalue=1.56e-149; confidence=high
RiceOs07g0456400
-
identity=65.4; qcov=0.941; evalue=3.01e-140; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005685 (U1 snRNP); GO:0006376 (mRNA splice site recognition); GO:0071004 (U2-type prespliceosome)
KEGG-
PfamPF03194 (LUC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776737.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057776737.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.80000 XP_057776737.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057776737.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15081242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:15084074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr7:15084913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776737.1
356 aa
N
1
178
356
LUC7
C
PF03194 LUC7 2-250 aa
XP_057776738.1
356 aa
N
1
178
356
LUC7
C
PF03194 LUC7 2-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776737.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 2 250 2.8e-87 293.3 LUC7 N_terminus
XP_057776738.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 2 250 2.8e-87 293.3 LUC7 N_terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

14 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092173.1
TTGGATAATTTCCTATATATTCCGTCACGAATTCGAATTCGAATTCGATTATGAAAAGAGTGGTGTGAATAAACTACAACCGCACCGCAATACAAACTAGAATAATTGCAAGAAAACCCTAATTACCAGCTTCCCACAAATTCGTTTCACGTACCACATCATAAATCGCCCCCCATCAAGTTTTAGGGTTTCTCATTGTAATTATCAGGAAACTTCGAATCGGTATAGACTGTCATTACCGAGAATCGCTGTTTACAGTT...
XR_009092175.1
TTGGATAATTTCCTATATATTCCGTCACGAATTCGAATTCGAATTCGATTATGAAAAGAGTGGTGTGAATAAACTACAACCGCACCGCAATACAAACTAGAATAATTGCAAGAAAACCCTAATTACCAGCTTCCCACAAATTCGTTTCACGTACCACATCATAAATCGCCCCCCATCAAGTTTTAGGGTTTCTCATTGTAATTATCAGGAAACTTCGAATCGGTATAGACTGTCATTACCGAGAATCGCTGTTTACAGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995465
ATGGATGCTCAGAGGGCTTTGCTTGATGAACTCATGGGCTCAGCACGTAATTTGACTGAAGAAGAGAGAAAAGGGCACCGCGAAATTAAGTGGGACGATAAGGAAGTTTGTGGTTGCTATATGGTCCGGTTCTGTCCTCATGATTTGTTTGTCAACACTCGGAGCGACCTAGGGGCGTGCCCGAAAATTCATGACCAGAAGTTAAAGGAAAGCTTTGAGATGTCTCCTAGACATGATTCATTTGTTCCAAAGTTTGAAGC...
LOC130995465
ATGGATGCTCAGAGGGCTTTGCTTGATGAACTCATGGGCTCAGCACGTAATTTGACTGAAGAAGAGAGAAAAGGGCACCGCGAAATTAAGTGGGACGATAAGGAAGTTTGTGGTTGCTATATGGTCCGGTTCTGTCCTCATGATTTGTTTGTCAACACTCGGAGCGACCTAGGGGCGTGCCCGAAAATTCATGACCAGAAGTTAAAGGAAAGCTTTGAGATGTCTCCTAGACATGATTCATTTGTTCCAAAGTTTGAAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776737.1
MDAQRALLDELMGSARNLTEEERKGHREIKWDDKEVCGCYMVRFCPHDLFVNTRSDLGACPKIHDQKLKESFEMSPRHDSFVPKFEAELAHFCERLVSDLDRRVRRGRERLAQDVEVQPPPPISAEKAEQLSVLEEKIKNLLEQVESLGEEGKVDEAEALMRKVELLNIEKTALTQQPPQDKLLMVAQEKKMALCEICGSFLVANDAAERTQSHVTGKQHVGYGMVRDFLVEYKEAKEKAKEEERLAREREAEERRKLQE...
XP_057776738.1
MDAQRALLDELMGSARNLTEEERKGHREIKWDDKEVCGCYMVRFCPHDLFVNTRSDLGACPKIHDQKLKESFEMSPRHDSFVPKFEAELAHFCERLVSDLDRRVRRGRERLAQDVEVQPPPPISAEKAEQLSVLEEKIKNLLEQVESLGEEGKVDEAEALMRKVELLNIEKTALTQQPPQDKLLMVAQEKKMALCEICGSFLVANDAAERTQSHVTGKQHVGYGMVRDFLVEYKEAKEKAKEEERLAREREAEERRKLQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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