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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001780

染色体: Chr07 坐标: 15090443-15091510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001780
名称SmilChr07G001780
描述heat shock 22 kDa protein, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15090443 - 15091510 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995467
GeneID130995467
locus_tag-
NCBI NameLOC130995467
原始查询LOC130995467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock 22 kDa protein, mitochondrial-like
产物heat shock 22 kDa protein%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G51440 (AT5G51440)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835218]
identity=48.2; qcov=1.07; evalue=7.73e-57; confidence=high
RiceOs02g0758000 (OsHsp24.1)
-
identity=44; qcov=1.1; evalue=1.11e-43; confidence=medium
GO-
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00011 (HSP20); PF17886 (ArsA_HSP20); PF27746 (Small_heat_shock_put)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776740.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776740.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776740.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776740.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776740.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15090736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:15090803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr7:15091143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776740.1
206 aa
N
1
103
206
Small_heat_shock_put
HSP20
ArsA_HSP20
C
PF27746 Small_heat_shock_put 106-190 aa PF00011 HSP20 111-205 aa PF17886 ArsA_HSP20 117-187 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776740.1 Pfam PF27746 Small_heat_shock_put Family 106 190 7.8e-13 49.0 Predicted plant small heat shock protein
XP_057776740.1 Pfam PF00011 HSP20 Domain 111 205 1.3e-18 67.7 Hsp20/alpha crystallin family
XP_057776740.1 Pfam PF17886 ArsA_HSP20 Domain 117 187 7.8e-07 29.3 HSP20-like domain found in ArsA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920757.1
GAATTTATCGGCCCAATCTGGAACCTTCTCGACCATGTTCTACAATGTTCCAGATTCTCTTCTCTTCTCTTTAAAAGCCGAGGCTGCAGACGTCGCCTTCCAACCTTTCAAAACTATCTGAAAATCTCACTCATCCTTAGCTTTCTTGTCAACAAAGAAACAATGGCTTCCTCTCTGGCTCTGAAAAGACTGATCTCTTCTTCCAACCTTCTCTCCACGTCTATCCGCCCCGTGGCATACTCTCGCCGCCTCTTCAATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995467
ATGGCTTCCTCTCTGGCTCTGAAAAGACTGATCTCTTCTTCCAACCTTCTCTCCACGTCTATCCGCCCCGTGGCATACTCTCGCCGCCTCTTCAATACCAACGCCGTCCGCGAGTACGACAGCGAAGACCGCGACTCCGACGTCGGCCGCCGCCCCGACCGCCGCGTATTCGGCATCGGCCGCCGCCCCGACGCGGCGGTATTCTCTCCCTTCGCCTTAGCAGATATGTTGAGTCCGTTCCCAACAAGGAGCAGCCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776740.1
MASSLALKRLISSSNLLSTSIRPVAYSRRLFNTNAVREYDSEDRDSDVGRRPDRRVFGIGRRPDAAVFSPFALADMLSPFPTRSSLSQILNMMDQMMETPASGGGRRSWEARETEEGLQLRVDMPGLGKEDVKVSVEQNTLTIRGEGKKENEEEESGRRYMSRIDLPEKLYKTNEIKAEMKNGVLKVFVPRIQEEQKNDVFQVNID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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