Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001781`

染色体: Chr07 坐标: 15092622-15125913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001781`
名称	SmilChr07G001781
描述	callose synthase 9
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	15092622 - 15125913 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995468`
GeneID	`130995468`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995468`
原始查询	`LOC130995468`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	callose synthase 9
产物	callose synthase 9
Arabidopsis	`AT3G07160` (GSL10) glucan synthase-like 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819903] identity=74; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0119500` (CRR1) - identity=69.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000148 (1,3-beta-D-glucan synthase complex); GO:0003843 (1,3-beta-D-glucan synthase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006075 ((1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF02364 (Glucan_synthase); PF14288 (FKS1_dom1); PF25968 (CALS1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057776741.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776741.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776741.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776741.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776741.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:15093072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15093159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15094480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15094507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15096022`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15096493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B80,D5
`Chr7:15097374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:15097418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:15098968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:15101224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr7:15104476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr7:15105665`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776741.1

1918 aa

959

1918

FKS1_dom1

CALS1

Glucan_synthase

PF14288 FKS1_dom1 346-453 aa PF25968 CALS1 850-1034 aa PF02364 Glucan_synthase 1041-1733 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776741.1`	Pfam	`PF14288`	FKS1_dom1	Family	346	453	4.5e-40	137.1	1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1
`XP_057776741.1`	Pfam	`PF25968`	CALS1	Domain	850	1034	2.4e-45	155.2	Callose synthase 1 domain
`XP_057776741.1`	Pfam	`PF02364`	Glucan_synthase	Family	1041	1733	1.5e-230	768.4	1,3-beta-glucan synthase component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920758.1
TATAGATGTATAATAGGCGGGTGACCGCCGCACACAAGTTTTAGCGAGTAAAAAAAGGGAAGAAAAGTAAGAGAAATGAAAAGAATTTCCAAAGTAATCTAGTTTTCTTCTCCGCGTTGTACCGGAACTTGAAAATTTCAACTAGCCCTCCAATTCTTGTTTCGAAATCACATTATACTGTTCCTGAGCAACCGCACCGATTTTGTTTGTTTTCCTTTTAAATTATCTCTCTTTTCCCCCAACTTTCTAATATAGTCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995468
ATGTCCCGAGTGGAGGACTTGTGGGAGCGGTTGGTTCGGGCAGCACTTCGAGGCCGAATAACAAGTGGTGGTTTGTATCGACAGCCTGAGGCTGGTCTAGCTGCAAATGTTCCTTCTTCGCTTGGGAACAAGGACATAGATGACATTCTGAGGGCTGCTGATGAAATTCAAGACGACGATCCCAATATATCCAGAATTTTGTGTGAGCATGCTTATTCTTTGGCTCAAAATCTGGATCCAAATAGTGAGGGCAGGGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776741.1
MSRVEDLWERLVRAALRGRITSGGLYRQPEAGLAANVPSSLGNKDIDDILRAADEIQDDDPNISRILCEHAYSLAQNLDPNSEGRGVLQFKTGLMSVIKQKLAKKEAGGIDRTQDIARLREFYKLYREKQNVDQLRKEEMELRQSGVFSGNLGELERKTVKRKRVLATLRVLGNVLGQLTKDVSAEEAERLIPEELKRVIESDAAMTEDLLPYNIIPLDAPSLTNPIVSFPEVQAAVSSLKYFRGLPKLPGTFSPPPSRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器