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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001792

染色体: Chr07 坐标: 15274225-15277455 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001792
名称SmilChr07G001792
描述ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15274225 - 15277455 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995480
GeneID130995480
locus_tag-
NCBI NameLOC130995480
原始查询LOC130995480

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
产物ETHYLENE INSENSITIVE 3-like 3 protein
ArabidopsisAT1G73730 (EIL3)
ETHYLENE-INSENSITIVE3-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843708]
identity=53.2; qcov=0.74; evalue=1.39e-165; confidence=high
RiceOs09g0490200 (OsEIL3)
-
identity=65.9; qcov=0.499; evalue=2.49e-143; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04873 (EIN3_DNA-bd); PF27048 (EIN3_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995480

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776757.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776757.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776757.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776757.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776757.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15275201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:15275276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:15275460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:15275592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:15275600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:15275676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B64,C52
Chr7:15275726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A5,B8,C58
Chr7:15275735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr7:15275849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:15275956 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 22 A23,A3,A6,B11,B113,B123,B35,B41,B65,B7,B73,C17,C2,C35,C43,C62,C65,C7,C79,C85,D4,D6
Chr7:15276029 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 25 A23,A6,A7,B11,B113,B123,B22,B35,B41,B65,B68,B7,B73,B99,C17,C2,C32,C35,C43,C62,C65,C68,C79,C85,D6
Chr7:15276032 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 25 A23,A6,A7,B11,B113,B123,B22,B35,B41,B65,B68,B7,B73,B99,C17,C2,C32,C35,C43,C62,C65,C68,C79,C85,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776757.1
676 aa
N
1
338
676
EIN3_N
EIN3_DNA-bd
C
PF27048 EIN3_N 71-142 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 160-281 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776757.1 Pfam PF27048 EIN3_N Domain 71 142 8.9e-44 147.8 Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
XP_057776757.1 Pfam PF04873 EIN3_DNA-bd Domain 160 281 1.3e-66 222.9 Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920774.1
GTTTTTGTTACGAAATCTTTTAGCCGCCTATTTCATCTGTCTCCTCGAATTCGGTGTTTGACCTTGCACACGCTTCTCTACTGTGCTCGCCCTACAGTTACCATTTTTGAACTGAAGTTGTTATTGCAATTCCACATCATAATACACCAGTCAAATAATTCGCTTATGATAGGGACAAAATTTCGCACTCTCTTTCCCTACCATACATATACATACACACCACTCTCTTTCCCTACCATACATATACATACACACCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995480
ATGGCTGTGATGGAGGATGTTGGAGTTGATATCAGTTCGGATATTGAAGTTGATGAGATGAGAGGTCACGGTAATATAGAGGAGAAAGATGTCAGTGATGAAGAGATTGAAGCGGAGGAATTGGAGAAGCGAATGTGGAAGGATCGTGTGAGACTGAAGAGGATCAAGGAAAGACAGAAGCTTGCAGAGAAACAGAAGGCTATATCCACTACAGACCAGGCACGTCGGAAGAAGATGGCACGAGCACAAGATGGCATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776757.1
MAVMEDVGVDISSDIEVDEMRGHGNIEEKDVSDEEIEAEELEKRMWKDRVRLKRIKERQKLAEKQKAISTTDQARRKKMARAQDGILKYMLKLMEVCKARGFVYGIIPEKGKPVSGASDNIREWWKEKVKFDKNAPAAIAKYEAECLSREDGVGNHHGNSRCVLQDLQDATLGSLLSSLMQHCDPPQRKYPLEKGISPPWWPTGNEEWWMRLSLPKGVIPPYKKPHDLKKMWKVGVLTAVIKHMSPDIAKIRKLIRQSKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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