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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001801

染色体: Chr07 坐标: 15378036-15379512 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001801
名称SmilChr07G001801
描述probable aquaporin TIP5-1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15378036 - 15379512 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995489
GeneID130995489
locus_tag-
NCBI NameLOC130995489
原始查询LOC130995489

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable aquaporin TIP5-1
产物probable aquaporin TIP5-1
ArabidopsisAT3G47440 (TIP5;1)
tonoplast intrinsic protein 5;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823898]
identity=59.1; qcov=0.975; evalue=2.1e-94; confidence=high
RiceOs04g0550800 (OsTIP5)
probable aquaporin TIP5-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336593]
identity=54.5; qcov=1; evalue=1.44e-81; confidence=high
GOGO:0006833 (water transport); GO:0015250 (water channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00230 (MIP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057776774.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057776774.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057776774.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776774.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15378276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B1
Chr7:15378475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:15378585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:15378870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776774.1
243 aa
N
1
122
243
MIP
C
PF00230 MIP 15-225 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776774.1 Pfam PF00230 MIP Family 15 225 2.2e-61 208.2 Major intrinsic protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920791.1
ATCACCTAACTGCTTATAACTTCTCCTCCTCCATTCTATACTATCATCCTAAAACAATTCTCCAACACCATAAATATCATCACTCATCTCTTCTTGAAAGAAATTTCACAGAGTTTCAGACATTTGAGGATGGCATCGCTGAAATCCCGGCTGCAGCACTCCGTCACTCCTGTTGCCCTTAGATCTTATCTTGCAGAGTTCATATCCACATTCCTCTTCGTCTTCGCCTCAGTTGGCGCCGCCACTTCTTCATGGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995489
ATGGCATCGCTGAAATCCCGGCTGCAGCACTCCGTCACTCCTGTTGCCCTTAGATCTTATCTTGCAGAGTTCATATCCACATTCCTCTTCGTCTTCGCCTCAGTTGGCGCCGCCACTTCTTCATGGAAGATGACGGCGTCTGACCCGGCCTCTCTGACGGCTACTGCAATCGCGAGCGCCTTTGCTTTATCAGCGGCTGTTTACATCGCCGCCAGCATCTCCGGTGGCCACGTCAATCCCGCGGTGACGTTCGCAATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776774.1
MASLKSRLQHSVTPVALRSYLAEFISTFLFVFASVGAATSSWKMTASDPASLTATAIASAFALSAAVYIAASISGGHVNPAVTFAMAVGGHITIPMAVFYWMAQMLGSVMACLVLKTMTVGQKIRVHTIPDEMTGFGASILEGVMTFGLVYTVYVCADARRSSAIGPLAVGFILGANVLASGPFTGGSMNPACAFGAALVGGSFKNQAVYWVGPLIGAALAGILYDNVVFPAHSVSDGAVVGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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