Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001812`

染色体: Chr07 坐标: 15531902-15535917 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001812`
名称	SmilChr07G001812
描述	polyadenylate-binding protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	15531902 - 15535917 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995500`
GeneID	`130995500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995500`
原始查询	`LOC130995500`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein 1-like
产物	polyadenylate-binding protein 1-like
Arabidopsis	`AT5G65260` (AT5G65260) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836651] identity=67.3; qcov=0.987; evalue=2.87e-98; confidence=high
Rice	`Os02g0757900` (P0471A11.31-2) - identity=62.2; qcov=0.973; evalue=7.91e-88; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776786.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057776786.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057776786.1`
4	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057776786.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057776786.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:15532764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B128,B136
`Chr7:15533582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776786.1

224 aa

112

224

RRM_1

PF00076 RRM_1 100-168 aa

XP_057776787.1

223 aa

112

223

RRM_1

PF00076 RRM_1 99-167 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776786.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	100	168	7.4e-18	64.9	RNA recognition motif
`XP_057776787.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	99	167	7.2e-18	65.0	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920803.1
GAAGTAATTAATCATTAAAAAAATATTTGAAATACGCGGACCCGTCCTTGCTAATTGAAAATGAAAATATAAAAACGGCGGTTTCATGCCTAGTTTGCGTTTTCCCCTTCTGCAGTTCCTCTTCGAACTTGAAAGCCAAATCGCGATTCAGCCAAAAGCAATCGCCTCTCAGCTCTGAAGAAGAAACCGATACATACCCCCATAGATAGAGAAAGAGAGAGCAATGGAGTGCCGAGGGCAGCAGGAGTTAGAGGAAGATG...

XM_057920804.1
AATATTTGAAATACGCGGACCCGTCCTTGCTAATTGAAAATGAAAATATAAAAACGGCGGTTTCATGCCTAGTTTGCGTTTTCCCCTTCTGCAGTTCCTCTTCGAACTTGAAAGCCAAATCGCGATTCAGCCAAAAGCAATCGCCTCTCAGCTCTGAAGAAGAAACCGATACATACCCCCATAGATAGAGAAAGAGAGAGCAATGGAGTGCCGAGGGCAGCAGGAGTTAGAGGAAGATGTTTACGGCGGCGAAGTTCCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995500
ATGGAGTGCCGAGGGCAGCAGGAGTTAGAGGAAGATGTTTACGGCGGCGAAGTTCCTGAACCAGCCTACATGGAATCCGATTCCGACCCATTTACCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGATTCCAAATCTGAGGAACTGGAGACCATGAAAAAAAGATTGCAGGAGATTGAGGAAGAAGCTGGGTCGCTTCGCGAACTGCAAGCAAAAGTCGAGAAAGAGATGGGCGCAACTCAAGATTCAGCCATTGCCTCTGCTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057776786.1
MECRGQQELEEDVYGGEVPEPAYMESDSDPFTDAAAAAAADSKSEELETMKKRLQEIEEEAGSLRELQAKVEKEMGATQEDSAIASATEAEKEEVDSRSIYVGNVDYSCTPEEVQQHFQSCGTVNRVTILTDKFGQPKGFAYVEFVEVEAVQNALLLNETELNGRQLKVSAKRTNIPGMKQYRGRHPSPYFGSRRPFMPTPYAYPPYTYGRVPRYRRPMRYRPY

XP_057776787.1
MECRGQQELEEDVYGGEVPEPAYMESDSDPFTDAAAAAAADSKSEELETMKKRLQEIEEEAGSLRELQAKVEKEMGATQDSAIASATEAEKEEVDSRSIYVGNVDYSCTPEEVQQHFQSCGTVNRVTILTDKFGQPKGFAYVEFVEVEAVQNALLLNETELNGRQLKVSAKRTNIPGMKQYRGRHPSPYFGSRRPFMPTPYAYPPYTYGRVPRYRRPMRYRPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器