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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001831

染色体: Chr07 坐标: 15792218-15797283 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001831
名称SmilChr07G001831
描述protein-tyrosine-phosphatase MKP1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15792218 - 15797283 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995516
GeneID130995516
locus_tag-
NCBI NameLOC130995516
原始查询LOC130995516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein-tyrosine-phosphatase MKP1-like
产物protein-tyrosine-phosphatase MKP1-like
ArabidopsisAT3G23610 (DSPTP1)
dual specificity protein phosphatase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821941]
identity=36.4; qcov=0.166; evalue=2.01e-24; confidence=weak
RiceOs05g0115800 (GSN1)
-
identity=61.3; qcov=0.493; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0008138 (protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00626 (Gelsolin); PF00782 (DSPc); PF25466 (MPK1_gelsolin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776807.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776807.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776807.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776807.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15794282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B49,B79,C10,C36
Chr7:15794354 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B129,C1
Chr7:15794354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C1
Chr7:15794358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:15794388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C61,C7
Chr7:15794427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr7:15794489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,B66
Chr7:15794496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B49,B79,C10,C36
Chr7:15794540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,C23,C39,C83
Chr7:15794585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B49,B79,C10,C36
Chr7:15794648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,B66
Chr7:15794663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B84,C12,C35,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776807.1
860 aa
N
1
430
860
DSPc
Gelsolin
MPK1_gelsolin_C
C
PF00782 DSPc 126-256 aa PF00626 Gelsolin 296-358 aa PF25466 MPK1_gelsolin_C 749-851 aa
XP_057776808.1
860 aa
N
1
430
860
DSPc
Gelsolin
MPK1_gelsolin_C
C
PF00782 DSPc 126-256 aa PF00626 Gelsolin 296-358 aa PF25466 MPK1_gelsolin_C 749-851 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776807.1 Pfam PF00782 DSPc Domain 126 256 5.3e-26 91.7 Dual specificity phosphatase, catalytic domain
XP_057776807.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 296 358 1.9e-07 31.5 Gelsolin repeat
XP_057776807.1 Pfam PF25466 MPK1_gelsolin_C Domain 749 851 1e-31 109.9 MPK1 gelsolin domain C-terminal
XP_057776808.1 Pfam PF00782 DSPc Domain 126 256 5.3e-26 91.7 Dual specificity phosphatase, catalytic domain
XP_057776808.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 296 358 1.9e-07 31.5 Gelsolin repeat
XP_057776808.1 Pfam PF25466 MPK1_gelsolin_C Domain 749 851 1e-31 109.9 MPK1 gelsolin domain C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920824.1
AACTTTCAAGTCCAAGAACTATTTCTACATTTCTAGGAGATGAAAAGTTTGTAGTATTTGAATGCAAGATAATTTATTCCTTCAAAAAAAAATGCAAGATAATTTATGTTTATTTGATGACTGTTTAATAATGTGTGCATGTAAGTTTGGGGTTGATCCAATGATGATGTGGGAGTTTGACCATTTCAGCTCCAGATCTACACATTTGCCAGCCTGTCTTCTTCACTTTCCGTTGCCTCTTACCTGCAACTCCCTCCTCT...
XM_057920825.1
AACATCCTCCTACTTCATGTAAGGCTTCATTTTTCACCTTCTTCTCTTTGGCACTCTTACTGTTGATTTGTGATTCCTTTAGTTAATTCCAATCTTTTTCAAATGGGTTGCTGTTTCGTATAATCAGTTGTGTGTGTAGTTAATATCTTAATTGTGTCCACTTGATGCCTATGCTCAGTTGTTCTACTGGTCTTGGTTGAGAGTGGCAGCATAGGTTTTGAAATGATAAAGGAAGAGGAAAAGGATGGGGCTTCAGGTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995516
ATGATAAAGGAAGAGGAAAAGGATGGGGCTTCAGGTGGAAGTTGGAGAACATACTCGCGTTCAGTGTCATGGACTGAACGCCCACCAAGAGCCTCTACTTCTACTTCTAAGCCACAATGGAACAGCAAAGCACGTTCTTGTTTGCCGCCTCTTCAGCCTCTTTCTATCATCCGTCCGAGCATTGAGGAATGGCCTAGAGCTGGTTCTGATGATCTTGGCGTATGGCCTAATAATCCTCCTACCCCTGGTGGGAAGCCTCC...
LOC130995516
ATGATAAAGGAAGAGGAAAAGGATGGGGCTTCAGGTGGAAGTTGGAGAACATACTCGCGTTCAGTGTCATGGACTGAACGCCCACCAAGAGCCTCTACTTCTACTTCTAAGCCACAATGGAACAGCAAAGCACGTTCTTGTTTGCCGCCTCTTCAGCCTCTTTCTATCATCCGTCCGAGCATTGAGGAATGGCCTAGAGCTGGTTCTGATGATCTTGGCGTATGGCCTAATAATCCTCCTACCCCTGGTGGGAAGCCTCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776807.1
MIKEEEKDGASGGSWRTYSRSVSWTERPPRASTSTSKPQWNSKARSCLPPLQPLSIIRPSIEEWPRAGSDDLGVWPNNPPTPGGKPPGSVTPRENSNSDQPPREFEFRKDKLAFFNKECSRILDHIYLGSDAIAKNREILRQNGITHVLNCVGFVCPEYFKNELVYKTLWLQDCPSEDITSILYDVFDYFEDVQEQSGRVLVHCCQGVSRSTSLVIAYLMWKEGQSFDDAFQHVKAARGVTNPNVGFACQLLQCQKRVHA...
XP_057776808.1
MIKEEEKDGASGGSWRTYSRSVSWTERPPRASTSTSKPQWNSKARSCLPPLQPLSIIRPSIEEWPRAGSDDLGVWPNNPPTPGGKPPGSVTPRENSNSDQPPREFEFRKDKLAFFNKECSRILDHIYLGSDAIAKNREILRQNGITHVLNCVGFVCPEYFKNELVYKTLWLQDCPSEDITSILYDVFDYFEDVQEQSGRVLVHCCQGVSRSTSLVIAYLMWKEGQSFDDAFQHVKAARGVTNPNVGFACQLLQCQKRVHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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