当前解析结果
SmilChr07G001835| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001835 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001835 |
| 描述 | probable myosin heavy chain ECU04_1000 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15815695 - 15820742 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995518 |
|---|---|
| GeneID | 130995518 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995518 |
| 原始查询 | LOC130995518 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable myosin heavy chain ECU04_1000 |
| 产物 | probable myosin heavy chain ECU04_1000 |
| Arabidopsis | AT1G24560 (AT1G24560)paramyosin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839070] identity=55.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0565400- identity=48.5; qcov=0.814; evalue=4.64e-144; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28782 (At3g49055) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995518 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057776810.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057776810.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057776810.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057776810.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776810.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15816072 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr7:15816124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr7:15818793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B131,B66 |
Chr7:15819291 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B57,C28,C53,C62 |
Chr7:15820074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B28,C84,D7 |
Chr7:15820144 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:15820224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B28,C84,D7 |
Chr7:15820315 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B131,B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776810.1PF28782
At3g49055 215-634 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776810.1 |
Pfam | PF28782 |
At3g49055 | Coiled-coil | 215 | 634 | 7.1e-55 | 187.5 | At3g49055-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。