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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001834

染色体: Chr07 坐标: 15814227-15815452 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001834
名称SmilChr07G001834
描述NDR1/HIN1-like protein 6
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15814227 - 15815452 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995520
GeneID130995520
locus_tag-
NCBI NameLOC130995520
原始查询LOC130995520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述NDR1/HIN1-like protein 6
产物NDR1/HIN1-like protein 6
ArabidopsisAT3G26350 (AT3G26350)
proline-rich receptor-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822239]
identity=53.4; qcov=0.575; evalue=3.3e-66; confidence=medium
RiceOs08g0494000
-
identity=39.9; qcov=0.544; evalue=8.31e-44; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057776816.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776816.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776816.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776816.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776816.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15814267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr7:15814273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:15814274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C76
Chr7:15814307 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B70
Chr7:15814307 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B70
Chr7:15814327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C12,C48
Chr7:15814435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr7:15814543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:15814607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B121,B128,C33,C48
Chr7:15814660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:15814693 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B121
Chr7:15814693 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920833.1
ATGTCCCACCACCATGAGACAAATCCACACTTTCTCCCCCGTCAACGCGATCCGGTCATCCAGTTTCCTTCACAAACGCCACCACGGCGTGCCAGGCCGCCGCCGCGCCACCACGGCCGTGCTCCAGTCGTGGTGGAAGCGCCGTCTCACGGCCACCCTGCCTACCACCCTGCACCACCTGATGCCCCACCTACACACCACCCTCCACCGCCTCATGGCCAGCCTACATACCACCCTGCACCACCTGATGGCCACCCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995520
ATGTCCCACCACCATGAGACAAATCCACACTTTCTCCCCCGTCAACGCGATCCGGTCATCCAGTTTCCTTCACAAACGCCACCACGGCGTGCCAGGCCGCCGCCGCGCCACCACGGCCGTGCTCCAGTCGTGGTGGAAGCGCCGTCTCACGGCCACCCTGCCTACCACCCTGCACCACCTGATGCCCCACCTACACACCACCCTCCACCGCCTCATGGCCAGCCTACATACCACCCTGCACCACCTGATGGCCACCCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776816.1
MSHHHETNPHFLPRQRDPVIQFPSQTPPRRARPPPRHHGRAPVVVEAPSHGHPAYHPAPPDAPPTHHPPPPHGQPTYHPAPPDGHPTHHPPPPHGPPAHHPPPPHGRTSPHRPTHVKPVTPLVVEAPHQPHQESRPHSDSHSRPPQHGSGGHHHYHPAFIHPPTSRRTKPIAWLVAAFCMLFWILVIVGGLIILIVYLVFRPRSPRFDISSTTINAAYLDMGYLLNADVTVLANFSNPNSKVKVEFSYVILDLYYDNNFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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