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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001836

染色体: Chr07 坐标: 15824506-15831536 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001836
名称SmilChr07G001836
描述mRNA export factor GLE1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15824506 - 15831536 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995521
GeneID130995521
locus_tag-
NCBI NameLOC130995521
原始查询LOC130995521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mRNA export factor GLE1
产物mRNA export factor GLE1
ArabidopsisAT1G13120 (GLE1)
nucleoporin GLE1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837869]
identity=42.2; qcov=1.02; evalue=6.66e-113; confidence=medium
RiceOs02g0596100
-
identity=36.9; qcov=1.03; evalue=4.22e-101; confidence=medium
GOGO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005543 (phospholipid binding); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006446 (regulation of translational initiation); GO:0006449 (regulation of translational termination); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0031369 (translation initiation factor binding); GO:0044614 (nuclear pore cytoplasmic filaments)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF07817 (GLE1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057776817.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057776821.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057776817.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.40000 XP_057776821.1
5 Spindle Spindle 0.20000 XP_057776817.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15824936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:15824950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B123,C27
Chr7:15825149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A6,B26,B64
Chr7:15825341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,B66
Chr7:15825671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:15827036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C79,D9
Chr7:15827360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr7:15828156 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A13,B10,B103,B3,B36,B50,C1,C18,C24,C25,C30,C6
Chr7:15828282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,B66
Chr7:15828367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:15828369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr7:15829485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776817.1
601 aa
N
1
300
601
GLE1
C
PF07817 GLE1 316-546 aa
XP_057776818.1
601 aa
N
1
300
601
GLE1
C
PF07817 GLE1 316-546 aa
XP_057776819.1
601 aa
N
1
300
601
GLE1
C
PF07817 GLE1 316-546 aa
XP_057776820.1
601 aa
N
1
300
601
GLE1
C
PF07817 GLE1 316-546 aa
XP_057776821.1
489 aa
N
1
244
489
GLE1
C
PF07817 GLE1 204-434 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776817.1 Pfam PF07817 GLE1 Repeat 316 546 2e-40 139.4 GLE1-like protein
XP_057776818.1 Pfam PF07817 GLE1 Repeat 316 546 2e-40 139.4 GLE1-like protein
XP_057776819.1 Pfam PF07817 GLE1 Repeat 316 546 2e-40 139.4 GLE1-like protein
XP_057776820.1 Pfam PF07817 GLE1 Repeat 316 546 2e-40 139.4 GLE1-like protein
XP_057776821.1 Pfam PF07817 GLE1 Repeat 204 434 1.2e-40 140.1 GLE1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920835.1
TCATTAGTTTAGAAAATCACAACCTCTTATGGAGTAAATATTAGTAATAATAAAAAGACTAGAAATCTCTCTGTTTTCCGCCGCTCGTCGCCCCCTCCGGCCCACGACGCTCTCGCCTCGAAATCTCTACAGCAACAGCCTGCGCCGTGCTCCGCCTCACTGTGCAGCCTATCAGTTTTCGTTGTCCTGCTTCCTCCGGCAACTCTTTAGCAGCTCTGCCGACACCTCCCCAACCCAACGCCCAATAGCAGATTATCTAA...
XM_057920834.1
TCATTAGTTTAGAAAATCACAACCTCTTATGGAGTAAATATTAGTAATAATAAAAAGACTAGAAATCTCTCTGTTTTCCGCCGCTCGTCGCCCCCTCCGGCCCACGACGCTCTCGCCTCGAAATCTCTACAGCAACAGCCTGCGCCGTGCTCCGCCTCACTGTGCAGCCTATCAGTTTTCGTTGTCCTGCTTCCTCCGGCAACTCTTTAGCAGCTCTGCCGACACCTCCCCAACCCAACGCCCAATAGCAGGTAAATCGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130995521
ATGGGAGTCATTGAATTAGGGCTTCGTTGTCCGCAAAATGTCAATGGGATCGCATCTGATCCTCAGCCTGATTGGAGTTTCGACAAGTTACTTTCGGAGCTCAATTCAATAGACAAAGAGCTCAGTCTAACTTTAGATTTTCCTTCACCTTTTACCAAAACAGAACCTAGAGATTTGAAAGCTTCAAAGGACAAACGGGGCTTTGTAATGCATGTGTCCGATAATGACAGTGATAGTGATGTGGATGCTGAAAATTCACT...
LOC130995521
ATGGGAGTCATTGAATTAGGGCTTCGTTGTCCGCAAAATGTCAATGGGATCGCATCTGATCCTCAGCCTGATTGGAGTTTCGACAAGTTACTTTCGGAGCTCAATTCAATAGACAAAGAGCTCAGTCTAACTTTAGATTTTCCTTCACCTTTTACCAAAACAGAACCTAGAGATTTGAAAGCTTCAAAGGACAAACGGGGCTTTGTAATGCATGTGTCCGATAATGACAGTGATAGTGATGTGGATGCTGAAAATTCACT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057776817.1
MGVIELGLRCPQNVNGIASDPQPDWSFDKLLSELNSIDKELSLTLDFPSPFTKTEPRDLKASKDKRGFVMHVSDNDSDSDVDAENSLVASGRRFTCDELYMSDDSEDGVTLGMQCHQLMDKAGLAEGAVYELTNEFRLSITDAVRSKISSLETELVNENEKFGSLTTKIDKYRELQHERERKLDLQYQRTIAEALDNHLTAVQRDHEHISQLEERRIRDDMARAEAKRREKAIQEEKIRQERIKAEEEAKLRSEMAERAK...
XP_057776818.1
MGVIELGLRCPQNVNGIASDPQPDWSFDKLLSELNSIDKELSLTLDFPSPFTKTEPRDLKASKDKRGFVMHVSDNDSDSDVDAENSLVASGRRFTCDELYMSDDSEDGVTLGMQCHQLMDKAGLAEGAVYELTNEFRLSITDAVRSKISSLETELVNENEKFGSLTTKIDKYRELQHERERKLDLQYQRTIAEALDNHLTAVQRDHEHISQLEERRIRDDMARAEAKRREKAIQEEKIRQERIKAEEEAKLRSEMAERAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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