当前解析结果
SmilChr07G001837| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001837 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001837 |
| 描述 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15849565 - 15853140 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995523 |
|---|---|
| GeneID | 130995523 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995523 |
| 原始查询 | LOC130995523 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| 产物 | glycosyl hydrolase 5 family protein-like |
| Arabidopsis | AT1G13130 (AT1G13130)Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837870] identity=57.5; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0481200- identity=56.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0071704 (GO:0071704) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00150 (Cellulase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995523 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057776822.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057776822.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057776822.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776822.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776822.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15849776 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:15849920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,C23,C39,C83 |
Chr7:15851934 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B75 |
Chr7:15851934 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr7:15851936 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B75 |
Chr7:15851936 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr7:15852489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C46 |
Chr7:15852646 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,C23,C39,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776822.1PF00150
Cellulase 63-344 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776822.1 |
Pfam | PF00150 |
Cellulase | Domain | 63 | 344 | 2.3e-25 | 90.4 | Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。