当前解析结果
SmilChr07G001838| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001838 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001838 |
| 描述 | proteasome subunit beta type-7-A |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 15853236 - 15855966 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995524 |
|---|---|
| GeneID | 130995524 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995524 |
| 原始查询 | LOC130995524 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | proteasome subunit beta type-7-A |
| 产物 | proteasome subunit beta type-7-A |
| Arabidopsis | AT3G27430 (PBB1)N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822364] identity=86.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0187000 (OsPBB1)- identity=84.8; qcov=0.989; evalue=2.69e-168; confidence=high |
| GO | GO:0004298 (threonine-type endopeptidase activity); GO:0005839 (proteasome core complex); GO:0051603 (GO:0051603) |
| KEGG | smil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00227 (Proteasome) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995524 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776823.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057776823.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057776823.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057776823.1 |
| 5 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057776823.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:15854162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:15854810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr7:15855743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,C27 |
Chr7:15855744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776823.1PF00227
Proteasome 37-217 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776823.1 |
Pfam | PF00227 |
Proteasome | Domain | 37 | 217 | 3.5e-50 | 171.0 | Proteasome subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。