Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001838

染色体: Chr07 坐标: 15853236-15855966 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001838
名称SmilChr07G001838
描述proteasome subunit beta type-7-A
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向15853236 - 15855966 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995524
GeneID130995524
locus_tag-
NCBI NameLOC130995524
原始查询LOC130995524

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述proteasome subunit beta type-7-A
产物proteasome subunit beta type-7-A
ArabidopsisAT3G27430 (PBB1)
N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822364]
identity=86.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0187000 (OsPBB1)
-
identity=84.8; qcov=0.989; evalue=2.69e-168; confidence=high
GOGO:0004298 (threonine-type endopeptidase activity); GO:0005839 (proteasome core complex); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGGsmil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00227 (Proteasome)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776823.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057776823.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776823.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057776823.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057776823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:15854162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:15854810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:15855743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C27
Chr7:15855744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776823.1
273 aa
N
1
136
273
Proteasome
C
PF00227 Proteasome 37-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776823.1 Pfam PF00227 Proteasome Domain 37 217 3.5e-50 171.0 Proteasome subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920840.1
GAATCCGAATCCGGTCGAAACCCAAACCCGAGAGAGAAATCACCCGACCCGATACGAGTGCTTCCCTTTCTTCTCCTTTTCTTCTTCCCCAAGGCCCAAGCTCACATATACTCTTGCACTCATTTTCTGAATCCACACAATACCTTGTTTATTTCTCTCTGGAAACCGGCTTAGTTTGAATAATATCAAATTGCGATGTCGAGATTCGCGGAATCCGCTCCTCCAAAGGGAGGGTTTTCTTTCGATTTATGCAAGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995524
ATGTCGAGATTCGCGGAATCCGCTCCTCCAAAGGGAGGGTTTTCTTTCGATTTATGCAAGAGAAACGATATGCTTGTGCAAAAGGGTTTGAAGCCATCCTCGTATCTGAAGACCGGAACTACAATTGTTGGGTTGGTTTTTCAGGATGGTGTCATTCTTGGAGCTGACACGCGAGCCACTGAAGGCCCCATTGTTGCTGATAAGAATTGCGAGAAGATCCACTATATGGCTCCAAATATTTATTGTTGTGGAGCTGGTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776823.1
MSRFAESAPPKGGFSFDLCKRNDMLVQKGLKPSSYLKTGTTIVGLVFQDGVILGADTRATEGPIVADKNCEKIHYMAPNIYCCGAGTAADTEAVTDMVSSQLKLHRFHTGRESRVVTALTLLKSHLFSYQGHVSAALVLGGVDVTGPHLHTIYPHGSTDTLPFATMGSGSLAAMAVFESKYREGLTRDEGVKLVAEAICSGIFNDLGSGSNVDVCVITKGKREYLRNYMLPNPRTYVSEKGYSFSKKTEVLLTRITPLKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器