当前解析结果
SmilChr01G003724| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003724 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003724 |
| 描述 | guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55553418 - 55558394 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995530 |
|---|---|
| GeneID | 130995530 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995530 |
| 原始查询 | LOC130995530 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1 |
| 产物 | guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1 |
| Arabidopsis | AT2G44100 (GDI1)guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819016] identity=84.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0418000 (OsGDI1)- identity=87.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005093 (Rab GDP-dissociation inhibitor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007264 (small GTPase-mediated signal transduction); GO:0015031 (protein transport); GO:0016192 (vesicle-mediated transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00996 (GDI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995530 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057776837.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057776837.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057776837.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057776837.1 |
| 5 | Melanosome | Melanosome | 0.20000 | XP_057776837.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55555095 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B20,C28,C31 |
Chr1:55555445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:55556377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B75 |
Chr1:55556577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr1:55556618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,B57 |
Chr1:55558100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776837.1PF00996
GDI 1-433 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776837.1 |
Pfam | PF00996 |
GDI | Family | 1 | 433 | 1.5e-233 | 775.8 | GDP dissociation inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。