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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000976`

染色体: Chr01 坐标: 20630201-20634835 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000976`
名称	SmilChr01G000976
描述	uncharacterized SmilChr01G000976
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	20630201 - 20634835 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995534`
GeneID	`130995534`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995534`
原始查询	`LOC130995534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.7; qcov=0.317; evalue=2.17e-39; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.7; qcov=0.567; evalue=1.86e-107; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776875.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057776875.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057776875.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776875.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776875.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:20630212`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D6
`Chr1:20630223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr1:20630236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A19,C74
`Chr1:20630236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C74
`Chr1:20630249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C74
`Chr1:20630250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B71,C32,C80
`Chr1:20630275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A21,A4,B108,B111,B120,B122,B127,B13,B131,B140,B22,B4,B51,B56,B59,B85,B86,B96,C23,C26,C36,C46,C62,C76
`Chr1:20630314`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B56
`Chr1:20630314`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B56
`Chr1:20630329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B56
`Chr1:20630432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr1:20630435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776875.1

1440 aa

720

1440

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 569-816 aa PF13966 zf-RVT 1090-1166 aa PF13456 RVT_3 1296-1364 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776875.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	569	816	1.7e-30	107.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057776875.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1090	1166	2.6e-11	44.7	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057776875.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1296	1364	8.5e-08	32.9	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920892.1
ATGGACGCGGTCCTGCAGCAGCCGGAAAAAAGGGTTCTTCGATCGAATGCTAAGGTTACCGGAGGAGTCCAACCCTTCGTGAAGGGGAGGACTGCGATGACTACTACTAGTAAGAAGAACGCTTCCAGAAAATCAGGTTTGGACGTGGTACAGGAGAAACTTAACGCCGCACATGCAGCGGGCAGAAAACCTCGGGATTTTATTATTGACAAAGAAACTAGCCCGCCAATACGCACAATGGCCAATGTGGCAACTAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995534
ATGGACGCGGTCCTGCAGCAGCCGGAAAAAAGGGTTCTTCGATCGAATGCTAAGGTTACCGGAGGAGTCCAACCCTTCGTGAAGGGGAGGACTGCGATGACTACTACTAGTAAGAAGAACGCTTCCAGAAAATCAGGTTTGGACGTGGTACAGGAGAAACTTAACGCCGCACATGCAGCGGGCAGAAAACCTCGGGATTTTATTATTGACAAAGAAACTAGCCCGCCAATACGCACAATGGCCAATGTGGCAACTAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776875.1
MDAVLQQPEKRVLRSNAKVTGGVQPFVKGRTAMTTTSKKNASRKSGLDVVQEKLNAAHAAGRKPRDFIIDKETSPPIRTMANVATKSWAEEVENEENSSLDGILEPKKDVSKVPLHFWKSINVVSIHQNSRIDMSPNIWVLANPIVNISLVFSSNQVVILDCCWSSRTFRAAFVHGDCSTVGRRYLWLELLTNVVDNMFFIGDFNVVKGAHERKSDCLPNASACREFCDFIDASGFIESNTSGLFYTWCGRRNLPSHVES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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