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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001852

染色体: Chr07 坐标: 16049383-16055025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001852
名称SmilChr07G001852
描述ALBINO3-like protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16049383 - 16055025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995537
GeneID130995537
locus_tag-
NCBI NameLOC130995537
原始查询LOC130995537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ALBINO3-like protein 1, chloroplastic
产物ALBINO3-like protein 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G24490 (ALB4)
OxaA/YidC-like membrane insertion protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839065]
identity=64.2; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0151200 (P0009G03.18-1)
-
identity=65.1; qcov=0.633; evalue=2.21e-148; confidence=high
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0010027 (thylakoid membrane organization); GO:0032977 (membrane insertase activity); GO:0051205 (protein insertion into membrane); GO:0072598 (protein localization to chloroplast)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02096 (60KD_IMP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057776842.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057776842.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057776842.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057776842.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776842.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16050782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:16051909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C77
Chr7:16052418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:16052870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,C2
Chr7:16052890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B70,C55
Chr7:16054396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:16054486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776842.1
505 aa
N
1
252
505
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 134-349 aa
XP_057776843.1
498 aa
N
1
249
498
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 134-349 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776842.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 134 349 2.3e-58 197.9 60Kd inner membrane protein
XP_057776843.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 134 349 2.2e-58 197.9 60Kd inner membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920860.1
ATTTTAAAATTGTACTCTTGGCTTGTGTTTGTAACATACCCACTAAAAGTGGCATTAAGTGCTCCCATTTACAGCGATTTCATTTCTTGGGATTCTTGTAGACATTTCGTCAAACATGATTTGGGCAGCAGATATTTCTTAACAAAAACTCTGCCTTTTTCCATCCTCTCTCTCGACTTTCATTAACCCAACAACACACACTCATTCATACCCCCAATTTCCATTTGTATATATACACTTACATATACTAATCTTCACAA...
XM_057920859.1
CTTGTGTTTGTAACATACCCACTAAAAGTGGCATTAAGTGCTCCCATTTACAGCGATTTCATTTCTTGGGATTCTTGTAGACATTTCGTCAAACATGATTTGGGCAGCAGATATTTCTTAACAAAAACTCTGCCTTTTTCCATCCTCTCTCTCGACTTTCATTAACCCAACAACACACACTCATTCATACCCCCAATTTCCATTTGTATATATACACTTACATATACTAATCTTCACAACTTCCTCACTCTTCCTTTTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995537
ATGTCGAGTTTTGTTCATTCAACCGCACAGAATTTGTTGTTGTCTCCCTTTTTAGGCCGGACGAGGACTCTAACCCCGGTTTCCGGCAGAGCCCGTTTCAGTAATTTCACGTTTCAGAAACCCTTACTGAGGGGCGGCAATTTTGGGATCGCCCGGTGCGGTTTGGGTCAGGTTCCATTTCCTGACCCGGAAAATGCCGAGTTCTTAATCAAAGATTTGCTTGGTAGAGTTGAAGGGCTTCTATACACAGTTGCTGATGC...
LOC130995537
ATGTCGAGTTTTGTTCATTCAACCGCACAGAATTTGTTGTTGTCTCCCTTTTTAGGCCGGACGAGGACTCTAACCCCGGTTTCCGGCAGAGCCCGTTTCAGTAATTTCACGTTTCAGAAACCCTTACTGAGGGGCGGCAATTTTGGGATCGCCCGGTGCGGTTTGGGTCAGGTTCCATTTCCTGACCCGGAAAATGCCGAGTTCTTAATCAAAGATTTGCTTGGTAGAGTTGAAGGGCTTCTATACACAGTTGCTGATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776842.1
MSSFVHSTAQNLLLSPFLGRTRTLTPVSGRARFSNFTFQKPLLRGGNFGIARCGLGQVPFPDPENAEFLIKDLLGRVEGLLYTVADADVTSPDAVDAVSTTKQNSDWLSGITNAMELVLKVLKDGLSTLHVPYAYGFAIILLTILVKAATFPLTKKQVESAMSMQSLAPQIKAIQERYAGDQERIQLETARLYKLAGINPLAGCLPTLATIPIWIGLYRALSNAADEGLLTEGFFWIPSLSGPTTVAARQTGSGTTWLFP...
XP_057776843.1
MSSFVHSTAQNLLLSPFLGRTRTLTPVSGRARFSNFTFQKPLLRGGNFGIARCGLGQVPFPDPENAEFLIKDLLGRVEGLLYTVADADVTSPDAVDAVSTTKQNSDWLSGITNAMELVLKVLKDGLSTLHVPYAYGFAIILLTILVKAATFPLTKKQVESAMSMQSLAPQIKAIQERYAGDQERIQLETARLYKLAGINPLAGCLPTLATIPIWIGLYRALSNAADEGLLTEGFFWIPSLSGPTTVAARQTGSGTTWLFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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