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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001858

染色体: Chr07 坐标: 16097785-16107250 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001858
名称SmilChr07G001858
描述trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16097785 - 16107250 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995544
GeneID130995544
locus_tag-
NCBI NameLOC130995544
原始查询LOC130995544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
产物trans-Golgi network-localized SYP41-interacting protein 1
ArabidopsisAT1G24460 (TNO1)
TGN-related, localized SYP41 interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839062]
identity=34.4; qcov=0.924; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0598300
-
identity=33.9; qcov=0.183; evalue=1.24e-40; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057776854.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057776854.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057776854.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057776854.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16098030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr7:16099492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:16099593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B26,B64
Chr7:16099916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:16100228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B26,B64
Chr7:16100484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:16100600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B131,B56,B96,C72
Chr7:16100823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:16100950 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 39 A1,A10,A18,A21,A24,A3,A5,A9,B115,B124,B20,B22,B34,B35,B53,B54,B57,B66,B7,B8,B87,B94,B99,C2,C28,C30,C35,C40,C41,C48,C5,C58,C61,C62,C70,C81,D10,D5,D9
Chr7:16100952 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 48 A1,A10,A18,A21,A22,A24,A3,A5,A9,B108,B110,B115,B124,B13,B20,B22,B34,B35,B47,B53,B54,B57,B66,B7,B8,B87,B94,B99,C2,C24,C28,C30,C35,C40,C41,C48,C5,C58,C59,C61,C62,C70,C81,C9,D10,D5,D6,D9
Chr7:16100956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B65,C60,D11,D7
Chr7:16102210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920871.1
CACTCAATCAACCATAATTCATGAAACTCTTTTCGATGCGTAGTAGTAACAAACAAACAAATGCACAATCCTCCACGATACTGTCTCACCGCTCCAACTGCAACACAAGATCCCTCCTTTTTTAGTTTTCTTCAACAAAAACCCAATAATCAGACCCCTCTTTTCGAGATCTGGGCCTTGGGTGAAGTAGGCAGTGGGAGTCTTGTTTGATGGAAATGGAAGATAATCATGAGAGACAAGGCTCTCCAGCAGCTGGGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995544
ATGGAAATGGAAGATAATCATGAGAGACAAGGCTCTCCAGCAGCTGGGGAAGGCGAGGGGCTTGCTTCTGTGGAAATCCTCTATGATGCAACAGTAGCTGAGAGTGCTGCCGATTCAGTTGATCAGATAGATCCCGTCAGCCCAAGTAACAGATCTGCATTAGATTCTTTCCAAAGTTTACCAAAAGACACAAGGCCAGCAGAGGATGGGGTAAGGGAAGATACATTTGTTGATTGTCCAGATGAAATAGAACCTTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776854.1
MEMEDNHERQGSPAAGEGEGLASVEILYDATVAESAADSVDQIDPVSPSNRSALDSFQSLPKDTRPAEDGVREDTFVDCPDEIEPSESQQNSEEKDDLQDDQADESDSGIKVPEMIAEIELLRDKLEKSVFEKEQLAQEYEGERAVLLRELSQFCHQLKVLNEQHLAADDNVDGFINHHQNEVVTWDATVGSGASLHEIISECSRLLEVSTNKRQQTEEKVNELHSVLYSKDQEIDFLNAKVADLTESSNLAWSDANSKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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