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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001866

染色体: Chr07 坐标: 16169745-16171604 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001866
名称SmilChr07G001866
描述uncharacterized SmilChr07G001866
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16169745 - 16171604 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995554
GeneID130995554
locus_tag-
NCBI NameLOC130995554
原始查询LOC130995554

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sporulation-specific protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827111]; symbol=AT4G14615; hit=AT4G14615; species=arabidopsis; confidence=medium
产物sporulation-specific protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827111]; symbol=AT4G14615; hit=AT4G14615; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G14615 (AT4G14615)
sporulation-specific protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827111]
identity=71.6; qcov=0.974; evalue=1e-35; confidence=medium
RiceOs07g0181800
-
identity=65.8; qcov=1; evalue=1.53e-22; confidence=medium
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0033617 (mitochondrial respiratory chain complex IV assembly)
KEGG-
PfamPF09803 (Pet100)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995554

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776868.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057776868.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057776868.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776868.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16171116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776868.1
76 aa
N
1
38
76
Pet100
C
PF09803 Pet100 10-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776868.1 Pfam PF09803 Pet100 Family 10 75 8.6e-12 45.9 Pet100

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920885.1
TCGGTCCTATTTTGATTCTAAAATTTTGAATGACTTTCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTAATATTGAGCTCACAAATTTCTCATTACCATTGTTGGGAAGGCAAGCCCTTATGGAATGTGTTTAGCCCAGCCGAGATCATAAGTGAATCAGAGTTAGTTAAAAGGTTGTAGTTACAATTACAAAACCGACATACACAACGACAACATGTGAATTTTGAGATAACGAAAACCTCTACGTATCGGTATCGCAATTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995554
ATGTCGTCTTTGGGTACATCAAAAGGGGTTTTAGAGATTGCCAAATTTGCATTGTACGTCACCGTTCCGATCGGGATGATGTACTTCTTCGCCAGCAATACCAAGAATCTCCAGAAAGTTATGGGAAATCGCAATTATGTGGTCTATCCGCCTGAAGCACCACGGCCGCCATCCCCTGAGGAAATGAGGGAGATGGCTAGGGAAATAGCTCGCAATAGAAACAAGCAGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776868.1
MSSLGTSKGVLEIAKFALYVTVPIGMMYFFASNTKNLQKVMGNRNYVVYPPEAPRPPSPEEMREMAREIARNRNKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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