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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001884

染色体: Chr07 坐标: 16308873-16315457 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001884
名称SmilChr07G001884
描述putative ABC transporter C family member 15
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16308873 - 16315457 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995573
GeneID130995573
locus_tag-
NCBI NameLOC130995573
原始查询LOC130995573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative ABC transporter C family member 15
产物putative ABC transporter C family member 15
ArabidopsisAT3G13080 (ABCC3)
multidrug resistance-associated protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820496]
identity=46.8; qcov=0.826; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0902100 (OsABCC2)
-
identity=61.2; qcov=0.728; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000325 (plant-type vacuole); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057776895.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057776895.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057776895.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776895.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16309963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:16310418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C29
Chr7:16310439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16310515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:16310551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A5,B8,C46,C58
Chr7:16311373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B53
Chr7:16311588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:16311601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:16311817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,B91,C15,C17,C21
Chr7:16312763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:16313228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:16313254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A21,B101,C23,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776895.1
1444 aa
N
1
722
1444
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 272-539 aa PF00005 ABC_tran 610-740 aa PF00664 ABC_membrane 888-1126 aa PF00005 ABC_tran 1216-1364 aa
XP_057776896.1
1444 aa
N
1
722
1444
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 272-539 aa PF00005 ABC_tran 610-740 aa PF00664 ABC_membrane 888-1126 aa PF00005 ABC_tran 1216-1364 aa
XP_057776897.1
1184 aa
N
1
592
1184
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
C
PF00664 ABC_membrane 272-539 aa PF00005 ABC_tran 610-740 aa PF00664 ABC_membrane 888-1125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776895.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 272 539 2.1e-51 176.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057776895.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 610 740 4.7e-41 141.3 ABC transporter
XP_057776895.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 888 1126 2.1e-51 176.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057776895.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1216 1364 4.7e-41 141.3 ABC transporter
XP_057776896.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 272 539 2.1e-51 176.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057776896.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 610 740 4.7e-41 141.3 ABC transporter
XP_057776896.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 888 1126 2.1e-51 176.0 ABC transporter transmembrane region
XP_057776896.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1216 1364 4.7e-41 141.3 ABC transporter
XP_057776897.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 272 539 2.5e-51 175.7 ABC transporter transmembrane region
XP_057776897.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 610 740 3.8e-13 50.9 ABC transporter
XP_057776897.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 888 1125 2.5e-51 175.7 ABC transporter transmembrane region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920913.1
AATAAGCAGGAAAAAGAAATAAAAAATATTACACGTAAGGGTTTATGTAAGATTTGCATTTTATCGCCAAGGGATGGATAGCGGTTGGGGTGCAGCCCTCCTGTTTATTTTAAGGCTTTTGATTGTTGCGGTGGAGAAACTTGTTGATGAATTCCTTCTTGTTTATGGATGTTAATCTGAAGTTGGTGGATGTGGCGTTTTGCCTGGTGTTTTTTGTATGGATTTTGTGGGATGCATCCGGAAAAAGAAAGGAATTTGGT...
XM_057920912.1
ATAATAATCCTATGCAAGAATACAGGCGGAAAGCAGCAAGCAATTTGTCCCACCATCTCTAAAAGCTTAGATTCCATAGTCACTGTTTCACCAACCTTGAACTGCCCACGTGCTTTCTTCACATTTGATCCAGTTTTGGATATACATTCAGCAATATAGCTTTTGATTGTTGCGGTGGAGAAACTTGTTGATGAATTCCTTCTTGTTTATGGATGTTAATCTGAAGTTGGTGGATGTGGCGTTTTGCCTGGTGTTTTTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995573
ATGAATTCCTTCTTGTTTATGGATGTTAATCTGAAGTTGGTGGATGTGGCGTTTTGCCTGGTGTTTTTTGTATGGATTTTGTGGGATGCATCCGGAAAAAGAAAGGAATTTGGTGTTGATGAACATTTTTTGCGTAGAGAGAGCTCATCACTCTCTGCCAAAATTAATGTTTTATTGAGTTTTGTAATGGGCGTTTCGTATGTCGTCTACTTGCTTCATGAGTTTTGGGAATCGGTGAATTTCCCCATTGATGATATCTT...
LOC130995573
ATGAATTCCTTCTTGTTTATGGATGTTAATCTGAAGTTGGTGGATGTGGCGTTTTGCCTGGTGTTTTTTGTATGGATTTTGTGGGATGCATCCGGAAAAAGAAAGGAATTTGGTGTTGATGAACATTTTTTGCGTAGAGAGAGCTCATCACTCTCTGCCAAAATTAATGTTTTATTGAGTTTTGTAATGGGCGTTTCGTATGTCGTCTACTTGCTTCATGAGTTTTGGGAATCGGTGAATTTCCCCATTGATGATATCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776895.1
MNSFLFMDVNLKLVDVAFCLVFFVWILWDASGKRKEFGVDEHFLRRESSSLSAKINVLLSFVMGVSYVVYLLHEFWESVNFPIDDIFSAIAWCCACILAVYSVSRGKKRWPLVLILWWSYSSICSLVAVSFYCLHRFRYIDEPKFVPKANAVDFPALPLSLLLCLNALLSNIVKTKSDATRPLLSDSERDSGCESDPFSSAGIWSLLTFRWLNPLFQKGRREKLQTEDVPPIPRSETAEEASCLLEEFFRKQKTSVPSLP...
XP_057776896.1
MNSFLFMDVNLKLVDVAFCLVFFVWILWDASGKRKEFGVDEHFLRRESSSLSAKINVLLSFVMGVSYVVYLLHEFWESVNFPIDDIFSAIAWCCACILAVYSVSRGKKRWPLVLILWWSYSSICSLVAVSFYCLHRFRYIDEPKFVPKANAVDFPALPLSLLLCLNALLSNIVKTKSDATRPLLSDSERDSGCESDPFSSAGIWSLLTFRWLNPLFQKGRREKLQTEDVPPIPRSETAEEASCLLEEFFRKQKTSVPSLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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