Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001907`

染色体: Chr07 坐标: 16478397-16483711 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001907`
名称	SmilChr07G001907
描述	uncharacterized SmilChr07G001907
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	16478397 - 16483711 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995594`
GeneID	`130995594`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995594`
原始查询	`LOC130995594`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834341]; symbol=AT5G43230; hit=AT5G43230; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834341]; symbol=AT5G43230; hit=AT5G43230; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G43230` (AT5G43230) EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834341] identity=44.8; qcov=0.65; evalue=4.2e-162; confidence=medium
Rice	`Os09g0487200` - identity=42.5; qcov=0.603; evalue=3.53e-144; confidence=medium
GO	GO:0005643 (nuclear pore)
KEGG	-
Pfam	PF10358 (NT-C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057776933.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776933.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776933.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776933.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776933.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:16479484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B77,B78,C34,C56
`Chr7:16479697`	`T`	`TA`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	B1
`Chr7:16479697`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B1
`Chr7:16479809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:16479828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B95,C41,C74
`Chr7:16479843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B109,B22,C23,C83
`Chr7:16480659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C23,C61,D6
`Chr7:16480725`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:16481161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:16481316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:16481414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:16481457`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776933.1

968 aa

484

968

NT-C2

PF10358 NT-C2 15-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776933.1`	Pfam	`PF10358`	NT-C2	Domain	15	154	1.2e-13	51.7	N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920950.1
TTGGTTATGCAATTGTGGCCGCCACGTCGTGCTACCATGCCATCACCATTGCTAGATTCTGTTTTCTTTGGTAAAATAATTTTAATTGGAATTTTCATTTCCGATTTTCCTGTCAAATTTCGAGATTAATGCGACGAACAATCCAATTCCATTAATTTTCTTTTATCCGACAGCAGCAGCAATTATCTAAAAGTTGACAATAGTGGACTGACTGCTCAGCTTTTCTCTCAATTTTTCATTTTTATCACGATCACTGCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995594
ATGGTTCTTGGGATGAAATCGAAGCACAAAAAGGGCGTAGCTGTTAGAGTCGAATACATCGTCCACATACAGGAGATTAGGCCTTGGCCTCCATCAGAAACCTTGAGGTCTGTTCAAACTGTATTGATTCAATGGGAAAATGGTAGCGAGAGCTCCGGATCCTTTCTTTCTGTTGCTGGGGAATCCAACATTGTATTCGATGAGTCCTTCATGCTACCCACAACTCTGTATTGGAAGAAGGCCAGAGAGAAGTTTCGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776933.1
MVLGMKSKHKKGVAVRVEYIVHIQEIRPWPPSETLRSVQTVLIQWENGSESSGSFLSVAGESNIVFDESFMLPTTLYWKKAREKFRKNYLEFSLFEPRKDKVRGHLLGTASLNLADYGLMEDILGLNVPLTFKKSSNNSVHPALAITLELIEKDRSYSSPSVGFSNEASLDGGDDDDSEMASYTDDDVSSRSSRTAGSSAFELGMTSPSQSEKSGFGKPSSAGASSDTWKKVKRYVSSSKLTERSMSFVKKSSSSPLIIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器