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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001933

染色体: Chr07 坐标: 16737711-16739887 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001933
名称SmilChr07G001933
描述flavonoid 3',5'-methyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16737711 - 16739887 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995613
GeneID130995613
locus_tag-
NCBI NameLOC130995613
原始查询LOC130995613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述flavonoid 3',5'-methyltransferase-like
产物flavonoid 3'%2C5'-methyltransferase-like
ArabidopsisAT1G67980 (CCOAMT)
caffeoyl-CoA 3-O-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843126]
identity=57.5; qcov=0.962; evalue=3.31e-91; confidence=high
RiceOs08g0498100 (OsOMT26)
-
identity=54.1; qcov=0.983; evalue=3.12e-81; confidence=high
GOGO:0008171 (O-methyltransferase activity); GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity)
KEGGsmil00944 (Flavone and flavonol biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01596 (Methyltransf_3); PF13578 (Methyltransf_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776950.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776950.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776950.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776950.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776950.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16739576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776950.1
237 aa
N
1
118
237
Methyltransf_3
Methyltransf_24
C
PF01596 Methyltransf_3 21-235 aa PF13578 Methyltransf_24 72-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776950.1 Pfam PF01596 Methyltransf_3 Domain 21 235 6.4e-76 254.9 O-methyltransferase
XP_057776950.1 Pfam PF13578 Methyltransf_24 Domain 72 177 7.2e-12 46.9 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920967.1
GGTCCACCAATTAAACCAACCTCCATTATCACGCAAACAATTAAATATCAACCAAATTAAATTTTAGTGGATCCAATAATTCTATAAATAAGCTTAATTAAGCTGAAGCTATTGGAGATCCATAAAGATTAATCTTAACCTTTTACTCTCAAGAGAAGCTTTTTTCTTCCAAGATGAAAGAGAAATTCTCATGCACCATTCTCCAAAGCGAGGCCCTCACTAAGTACCTTCTGGAAACAAGTGCCTATCCTAGAGAGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995613
ATGAAAGAGAAATTCTCATGCACCATTCTCCAAAGCGAGGCCCTCACTAAGTACCTTCTGGAAACAAGTGCCTATCCTAGAGAGCACCAACAACTCAAGGAACTTCGGCAGGCTAGCGTTGATAAATACGAGCACTTGAGTGCGATGAATGTGCCTGCTGATGAAGGACAGCTTATCTCAATGATGTTGAAAGTGATGAATGCAAAGAAAACAATAGAAGTTGGAGTTTTTACTGGTTATTCCCTTTTGGTTACTGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776950.1
MKEKFSCTILQSEALTKYLLETSAYPREHQQLKELRQASVDKYEHLSAMNVPADEGQLISMMLKVMNAKKTIEVGVFTGYSLLVTALALPDKAKVIAIDPDREAYEVGLPFIEKAGVAHKIEFINSDAVTAINELLDNGEEGTFDFAFVDADKENYIKYHELLLKLVRVGGMIAYDNTLWSGTVALADDDLTQEWKDKIGDTRIFLRNLNTFLANDSRIDLAHLSVGDGLSLCTRLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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