Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001937

染色体: Chr07 坐标: 16781224-16785260 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001937
名称SmilChr07G001937
描述65-kDa microtubule-associated protein 8
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16781224 - 16785260 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995616
GeneID130995616
locus_tag-
NCBI NameLOC130995616
原始查询LOC130995616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述65-kDa microtubule-associated protein 8
产物65-kDa microtubule-associated protein 8
ArabidopsisAT1G27920 (MAP65-8)
microtubule-associated protein 65-8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839685]
identity=65.5; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0531100
-
identity=58.2; qcov=0.804; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005819 (spindle); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF03999 (MAP65_ASE1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057776952.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057776952.1
3 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057776952.1
4 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057776952.1
5 Phragmoplast Phragmoplast 0.60000 XP_057776952.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16783332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B134,B16
Chr7:16783707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16784192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16784914 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A2,B131,B56,B96,C37
Chr7:16784914 TA T 1bp_deletion CDS_variant 5 A2,B131,B56,B96,C37
Chr7:16784920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:16784948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:16784981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776952.1
596 aa
N
1
298
596
MAP65_ASE1
C
PF03999 MAP65_ASE1 24-515 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776952.1 Pfam PF03999 MAP65_ASE1 Family 24 515 1.6e-74 252.1 Microtubule associated protein (MAP65/ASE1 family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920969.1
GATGAAATCTCACAATCATTAGAAGCTCAACTGTGATGACACAGTTGAGAATCAACGCATTATTTTATCTGTAGACAAAAAAAAACACTAGAATTAACCTTGAAAGTAAAGTAGGAAGAGAAACCTTGAAGATCAAAAGCAACAAAGGATCCTTGAACCTAAAGTTTCACTATCACCCACCAGTGAAACCTTATCTTTTAAGCAAATATTCACTCCCAAAACCAAAGTCCCACCTCACTATGGTCCCTCCATCTCTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995616
ATGGGATCCTTACAGAAATCAAATGGTGGGATGGGAAGTTTAGCATTGTTGGAGACGTCGTGTGGCTACTTGCTACAAGAATTACAGATCATATGGGATGAAGTCGGAGAGGACAAATTTGAGCGGGAAAAGGTTCTGCTGGAACTCGAACAGGAGTGCCTCGAGATTTATAGAAGAAAAGTTGACACAGCTAACATTTCACGAGCTCGATTACATCAGCAGCTTGCAGAGTCCGAGGCTGAGTTTACTCATCTCCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776952.1
MGSLQKSNGGMGSLALLETSCGYLLQELQIIWDEVGEDKFEREKVLLELEQECLEIYRRKVDTANISRARLHQQLAESEAEFTHLLLSLGERSLPGRPEKMAGTLKEQLNSITPALREMQLRKEERVKQFRVVQGQIHKISAEIAGRTEYKDSTSPVCVNENDLSLKKLEEFQNELQRLHSEKSDRLQRMENYISTIRNLSATLGMDSSLIITKVHPSLNELSGLSKNISDGILEKLDSTVKSLQSEKQTRFDKLQQLGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器