Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001939`

染色体: Chr07 坐标: 16789755-16795282 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001939`
名称	SmilChr07G001939
描述	uncharacterized SmilChr07G001939
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	16789755 - 16795282 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995618`
GeneID	`130995618`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995618`
原始查询	`LOC130995618`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0920200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0920200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G27100` (AT3G27100) transcription/mRNA export factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822329] identity=56.8; qcov=1; evalue=8.32e-39; confidence=medium
Rice	`Os01g0920200` - identity=65.1; qcov=0.982; evalue=2.14e-47; confidence=medium
GO	GO:0000124 (SAGA complex); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016578 (GO:0016578); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription); GO:0071819 (DUBm complex)
KEGG	-
Pfam	PF10163 (EnY2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057776954.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057776954.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057776954.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776954.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776954.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:16789936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B110,B66
`Chr7:16789957`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B110,B66,B88,C2
`Chr7:16789957`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B110,B66,B88,C2
`Chr7:16789977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B66,B88,C2
`Chr7:16789980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B66,B88,C2
`Chr7:16790161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr7:16791157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B101,B136,C28,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776954.1

106 aa

106

EnY2

PF10163 EnY2 27-89 aa

XP_057776956.1

103 aa

103

EnY2

PF10163 EnY2 27-88 aa

XP_057776957.1

111 aa

111

EnY2

PF10163 EnY2 27-106 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776954.1`	Pfam	`PF10163`	EnY2	Family	27	89	8.5e-21	74.8	Transcription factor e(y)2
`XP_057776956.1`	Pfam	`PF10163`	EnY2	Family	27	88	1.2e-20	74.3	Transcription factor e(y)2
`XP_057776957.1`	Pfam	`PF10163`	EnY2	Family	27	106	5.2e-30	104.3	Transcription factor e(y)2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920974.1
AATTAAATAAATAAATAATCTGAATTAAGAGAACAAGTGAGAGTTTGGAAGCTTAAATTATCCATAACAGAAGGTAAGAATTACTATCAGATAGTCGCAAAAGATTTGTTGAGTCCATTGGAGCTCAATTGTTTGTGATTTCATATGCTCGGAAGAAGGAACGCGTCAATTCAACACCCACCGACTCTGGATGCAGAAATGGAGTCGACTCTTCAACAAATAGTCGATTTAAAGTTAGTGGAGAGCGGAGAAAAAGAGCG...

XM_057920971.1
CTGAATTAAGAGAACAAGTGAGAGTTTGGAAGCTTAAATTATCCATAACAGAAGGTAAGAATTACTATCAGATAGTCGCAAAAGATTTGTTGAGTCCATTGGAGCTCAATTGTTTGTGATTTCATATGCTCGGAAGAAGGAACGCGTCAATTCAACACCCACCGACTCTGGATGCAGAAATGGAGTCGACTCTTCAACAAATAGTCGATTTAAAGTTAGTGGAGAGCGGAGAAAAAGAGCGATTGAAGGAAGTATTACTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130995618
ATGCTCGGAAGAAGGAACGCGTCAATTCAACACCCACCGACTCTGGATGCAGAAATGGAGTCGACTCTTCAACAAATAGTCGATTTAAAGTTAGTGGAGAGCGGAGAAAAAGAGCGATTGAAGGAAGTATTACTAGAGAGGCTCGTGGAATGTGGCTGGAAAGATGAGATGAAAGCCCTCTGCAGGGAGTTTGCAAGGAAGAAGGGAAGGGATAATGTAACTGTTGATGAACTTGTGAATTTCATAACTCCAAAAGGAAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057776954.1
MLGRRNASIQHPPTLDAEMESTLQQIVDLKLVESGEKERLKEVLLERLVECGWKDEMKALCREFARKKGRDNVTVDELVNFITPKGRETPENPRNQSTYIAGMWTA

XP_057776956.1
MLGRRNASIQHPPTLDAEMESTLQQIVDLKLVESGEKERLKEVLLERLVECGWKDEMKALCREFARKKGRDNVTVDELVNFITPKGRENPRNQSTYIAGMWTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器