当前解析结果
SmilChr07G001942| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001942 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001942 |
| 描述 | meiosis-specific protein ASY1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 16835805 - 16841396 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995622 |
|---|---|
| GeneID | 130995622 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995622 |
| 原始查询 | LOC130995622 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | meiosis-specific protein ASY1 |
| 产物 | meiosis-specific protein ASY1 |
| Arabidopsis | AT1G67370 (ASY1)DNA-binding HORMA family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843058] identity=65.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0506800- identity=56.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02301 (HORMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995622 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776963.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 1.00000 | XP_057776963.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057776963.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.80000 | XP_057776963.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776963.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:16838587 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:16838594 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr7:16838659 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C35,C57,C65 |
Chr7:16840299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr7:16840479 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B15 |
Chr7:16840479 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776963.1PF02301
HORMA 17-222 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776963.1 |
Pfam | PF02301 |
HORMA | Domain | 17 | 222 | 7e-64 | 215.9 | HORMA domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。