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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001946

染色体: Chr07 坐标: 16876687-16877687 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001946
名称SmilChr07G001946
描述uncharacterized SmilChr07G001946
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16876687 - 16877687 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995625
GeneID130995625
locus_tag-
NCBI NameLOC130995625
原始查询LOC130995625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005507 (copper ion binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776965.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776965.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776965.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776965.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776965.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16876829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C77
Chr7:16876955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:16877184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B24,B95
Chr7:16877190 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 14 B119,B121,B122,B133,B42,B43,B52,B59,B81,B98,C29,C55,C79,D9
Chr7:16877234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,B94,C66,D9
Chr7:16877287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:16877293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr7:16877487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr7:16877591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920982.1
ATGCATATGGCTTAGAGCCTATCAATGGGGAAAAAATGTGGTCAAAGGGTGTTGGTTATCCAGTGCAACCTCCATTGATTAGGGCTATGCCAGGAAGACCAAAAAAGAAGAGGAGAAGAGATGTAGATGAGAGGGATCCAAACAACAACACACGGCTGAAAAGAATTGGGATTAGGATGACATGTCAAAACTGCCTTCAAGTTGGTCACAATGCAAGGTCTTGCAAAAACGAAAAGGTGGACAGAGAAGAAGGAAATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995625
ATGTGGTCAAAGGGTGTTGGTTATCCAGTGCAACCTCCATTGATTAGGGCTATGCCAGGAAGACCAAAAAAGAAGAGGAGAAGAGATGTAGATGAGAGGGATCCAAACAACAACACACGGCTGAAAAGAATTGGGATTAGGATGACATGTCAAAACTGCCTTCAAGTTGGTCACAATGCAAGGTCTTGCAAAAACGAAAAGGTGGACAGAGAAGAAGGAAATCAGAAGCCAAGAGGTAGGCCAAGGAAGCATCCTCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776965.1
MWSKGVGYPVQPPLIRAMPGRPKKKRRRDVDERDPNNNTRLKRIGIRMTCQNCLQVGHNARSCKNEKVDREEGNQKPRGRPRKHPLTCSERPTKERKRRTTKKNATSAMNEDTAPTPTSTDPASTGPAPTLHSTTHANASTSTIMKERNTALKGLGVYVAQGTGNIYVNMSSRSARGTFVPPRPNTRSTTSGSQASGVGSSNTQSAPTAPTGSAPTQESQGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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