Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001951

染色体: Chr07 坐标: 16983713-16984535 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001951
名称SmilChr07G001951
描述uncharacterized SmilChr07G001951
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向16983713 - 16984535 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995628
GeneID130995628
locus_tag-
NCBI NameLOC130995628
原始查询LOC130995628

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834344]; symbol=AT5G43260; hit=AT5G43260; species=arabidopsis; confidence=medium
产物chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834344]; symbol=AT5G43260; hit=AT5G43260; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G43260 (AT5G43260)
chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834344]
identity=70; qcov=0.496; evalue=4.61e-29; confidence=medium
RiceOs02g0506600
-
identity=45.5; qcov=0.546; evalue=9.62e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995628

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057776968.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057776968.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 1.00000 XP_057776968.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776968.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:16983774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr7:16983857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:16983905 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B140
Chr7:16983905 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B140
Chr7:16983976 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A19,A20,A7,B104,B140,B30,B32,B82,B84,C16,C27
Chr7:16984140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C35,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920985.1
AGGGTGAGATATCAAAATTTGTTTGCAGCAAGAGATGTTTGGCTAAAGTTACAGTTACGTGTATCGTGAGATGAGGAAATTGAATTGGTGACTAAAATTTAGGAATTCAGTTGGACACCAAAAATCTAAATAAACGACAAATGAGGGATCGGCAAACAAAATGAATATTAACAAGTGTGAAGAGTTGCAGTCTAAAATCTTTGAGAAAACTCCAAACAGCCCAACACCACCAACTCCACGCCGAGTTACGTGTACTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995628
ATGGGCCCCATCGTCTTGACCCAATTGGCCACCGGCCTCAGCGTTTTGGCCGGGGCTGTTCTCGTCAAACAGGTCATGGATCAGAACCCCATGATGGGTTCCGGCCGGATTAATAGATGCTCCACCTGCAACGGAACGGGCAGGGTCACCTGTTTGTGCACCCGCTGGTCCGACGGCGATTATGGCTGCCGGGCTTGCGCCTGGCTCGGGCCGGATGGCCTGCAACAGCTGCGGCGGCACCGGAACTGGCCGCCCCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776968.1
MGPIVLTQLATGLSVLAGAVLVKQVMDQNPMMGSGRINRCSTCNGTGRVTCLCTRWSDGDYGCRACAWLGPDGLQQLRRHRNWPPHSGSDSGSPAHPAHPAFLNIIRVCSMLYVKCNLYVSIILREDERRRDMTVGFALRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器