Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001960`

染色体: Chr07 坐标: 17094769-17099299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001960`
名称	SmilChr07G001960
描述	squamosa promoter-binding-like protein 3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	17094769 - 17099299 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995634`
GeneID	`130995634`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995634`
原始查询	`LOC130995634`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	squamosa promoter-binding-like protein 3
产物	squamosa promoter-binding-like protein 3
Arabidopsis	`AT5G43270` (SPL2) squamosa promoter binding protein-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834345] identity=38.6; qcov=0.913; evalue=1.7e-66; confidence=medium
Rice	`Os06g0703500` (OsSPL12) - identity=42.9; qcov=0.847; evalue=2.3e-77; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF03110 (SBP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776976.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057776976.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776976.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776976.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776976.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:17095055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:17095060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,D11
`Chr7:17096610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B9,B98,C38,D4
`Chr7:17096792`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A3,B125,B139,B61,B63,B70,B80,B81,B83,C50,C56,C63,D4,D5
`Chr7:17096802`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:17096893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776976.1

492 aa

246

492

SBP

PF03110 SBP 203-276 aa

XP_057776977.1

492 aa

246

492

SBP

PF03110 SBP 203-276 aa

XP_057776978.1

471 aa

236

471

SBP

PF03110 SBP 182-255 aa

XP_057776979.1

492 aa

246

492

SBP

PF03110 SBP 203-276 aa

XP_057776980.1

492 aa

246

492

SBP

PF03110 SBP 203-276 aa

XP_057776981.1

492 aa

246

492

SBP

PF03110 SBP 203-276 aa

XP_057776982.1

471 aa

236

471

SBP

PF03110 SBP 182-255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776976.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	203	276	1.1e-31	109.6	SBP domain
`XP_057776977.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	203	276	1.1e-31	109.6	SBP domain
`XP_057776978.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	182	255	1e-31	109.7	SBP domain
`XP_057776979.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	203	276	1.1e-31	109.6	SBP domain
`XP_057776980.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	203	276	1.1e-31	109.6	SBP domain
`XP_057776981.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	203	276	1.1e-31	109.6	SBP domain
`XP_057776982.1`	Pfam	`PF03110`	SBP	Domain	182	255	1e-31	109.7	SBP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920995.1
TGCAAAAAAAAGACATACGTACTTAGAAATCGAAGATGTAATTGAGGAGGAGAATTTTCCGGTGGTCAAAGGCAAATGCGGTTCCATTTGCAGCTGGACAAATCCAAGTAAGCTGGAGTCTCCCCAGCCGTCTGATCTTCCTCGCTCCCACCGGTAATCGTTCAGACAAACACACAGCGGATCACACCATGGGACCCACGCCCTCCTCTGTATAAAATAGCTCACACCATTGTTATTGCCAGTTTGCCCCCACCCCCCCA...

XM_057920996.1
ACTTAGAAATCGAAGATGTAATTGAGGAGGAGAATTTTCCGGTGGTCAAAGGCAAATGCGGTTCCATTTGCAGCTGGACAAATCCAAGTAAGCTGGAGTCTCCCCAGCCGTCTGATCTTCCTCGCTCCCACCGGTAATCGTTCAGACAAACACACAGCGGATCACACCATGGGACCCACGCCCTCCTCTGTATAAAATAGCTCACACCATTGTTATTGCCAGTTTGCCCCCACCCCCCCAAACTATACTCTCTCTTTTTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA

LOC130995634
ATGTTCCAGTGGCCTAGTTTATGTTGCAGTATCTATGCTAGATTAATTGAGAAACTACACCTAATGAGCCACTATTTGGAGATGGATTGGAATACTAAGTGGGATTGGGAAAGCTATGACGCGTTTGGTCCAAAAGCAACTGAAAATCCCAAGAAGCTGCAACTAGTGGATTGGACTATTATTGATGATGGGGAAATTGATGCTGGATCCTTCAATCTCTCAGCCGGGGGTGGAAACAGTGGAGCCTCTGGCTCTGACGG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA

XP_057776976.1
MFQWPSLCCSIYARLIEKLHLMSHYLEMDWNTKWDWESYDAFGPKATENPKKLQLVDWTIIDDGEIDAGSFNLSAGGGNSGASGSDGGHVSSAKSSISASDSSTKDGQTPPDFRLMAYEDFSGNFKITKREGTKVSGTSPPLEASIGSVEPLIGLKLGKRTYFENSGGAGSHVKSASPVIPTASTSSLKKTKLPGENLPMPRCVVEGCNIDLSTAKEYHRKHRVCDSHSKSPKVVVGGLERRFCQQCSRFHNLSEFDEKK...

XP_057776977.1
MFQWPSLCCSIYARLIEKLHLMSHYLEMDWNTKWDWESYDAFGPKATENPKKLQLVDWTIIDDGEIDAGSFNLSAGGGNSGASGSDGGHVSSAKSSISASDSSTKDGQTPPDFRLMAYEDFSGNFKITKREGTKVSGTSPPLEASIGSVEPLIGLKLGKRTYFENSGGAGSHVKSASPVIPTASTSSLKKTKLPGENLPMPRCVVEGCNIDLSTAKEYHRKHRVCDSHSKSPKVVVGGLERRFCQQCSRFHNLSEFDEKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器