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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002008

染色体: Chr07 坐标: 17848452-17850692 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002008
名称SmilChr07G002008
描述exocyst complex component EXO70B1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向17848452 - 17850692 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995669
GeneID130995669
locus_tag-
NCBI NameLOC130995669
原始查询LOC130995669

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO70B1
产物exocyst complex component EXO70B1
ArabidopsisAT5G13150 (EXO70C1)
exocyst subunit exo70 family protein C1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831154]
identity=45.6; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0167600 (OsEXO70C2)
-
identity=42.2; qcov=0.884; evalue=3.9e-152; confidence=medium
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis)
KEGG-
PfamPF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777024.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777024.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777024.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777024.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:17848872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C29
Chr7:17848889 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B24,B97,C48,C86
Chr7:17848889 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 4 B24,B97,C48,C86
Chr7:17848895 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B24,B97,C86
Chr7:17848895 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 3 B24,B97,C86
Chr7:17848898 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 C25,C29
Chr7:17848898 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 2 C25,C29
Chr7:17848911 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B24,B97,C48,C86
Chr7:17848911 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B24,B97,C48,C86
Chr7:17848914 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 2 C25,C29
Chr7:17848914 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 2 C25,C29
Chr7:17848915 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B24,B97,C48,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777024.1
649 aa
N
1
324
649
Exo70_N
Exo70_C
C
PF20669 Exo70_N 82-159 aa PF03081 Exo70_C 266-635 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777024.1 Pfam PF20669 Exo70_N Repeat 82 159 3.1e-07 31.2 Exocyst complex component Exo70 N-terminal
XP_057777024.1 Pfam PF03081 Exo70_C Repeat 266 635 2.8e-115 386.1 Exo70 exocyst complex subunit C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921041.1
AATATTCAGTTGTAATGTCCAAAAATGATGCTTCTCCCTAGACCCTCTATTTCCCACACCCCTCTGCTTTTCTTCTCATTAATTACACAAAAGACAGAAAAAATAACGGAAATTAGTTAACACAAAACTGGAAAACGGTAACAGATCGAAAATCAATGGAAGAAGCCCATCTCCAGAAACACAACAGTTTGAGCAAAATATCCCAAATTACAACCAGCCCCAACCCCCAAAATTCGGTTGATCTATCCAACGACGATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995669
ATGGAAGAAGCCCATCTCCAGAAACACAACAGTTTGAGCAAAATATCCCAAATTACAACCAGCCCCAACCCCCAAAATTCGGTTGATCTATCCAACGACGATGCATGCGATCAACATTCTGCGCATCACACCCATGAAATCGCGCACAATGTTGATCAATTCATCACTACGATCGCCGCAATCGACGACAAATCGTCCGACTCACCGGAAATTCCTGATTTCATCGAGACCTTCTCCAAAATCATCGAATCAAGAGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777024.1
MEEAHLQKHNSLSKISQITTSPNPQNSVDLSNDDACDQHSAHHTHEIAHNVDQFITTIAAIDDKSSDSPEIPDFIETFSKIIESRVKKYKKSSDTGTRFGKMTEDDLLFIHSVRRISKLTNALSEFPADSNVNPSMNQTSAALQHAMVFLEEEFRALLEDSRSDADAEIVLRLSSCSLKSQQDYCELEDPGQSEEYPAYSPEVVAKMHEIASTMISAGYETECCQVYYISRRNAIRKKMARMDFEIMWNMDDVAKAAWET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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