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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003642

染色体: Chr07 坐标: 43160590-43164194 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003642
名称SmilChr07G003642
描述probable methyltransferase PMT17
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向43160590 - 43164194 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995672
GeneID130995672
locus_tag-
NCBI NameLOC130995672
原始查询LOC130995672

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable methyltransferase PMT17
产物probable methyltransferase PMT17
ArabidopsisAT4G10440 (AT4G10440)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826636]
identity=68.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0510400
-
identity=68.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03141 (Methyltransf_29); PF08241 (Methyltransf_11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995672

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057777027.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057777027.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777027.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777027.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:43160886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:43160953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D8
Chr7:43160977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B125,B21,B89
Chr7:43161370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C8
Chr7:43161409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:43161499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C40,C70
Chr7:43161602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C8
Chr7:43161649 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B111
Chr7:43161649 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B111
Chr7:43161653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:43161720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:43162473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B5,C23,C74,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777027.1
614 aa
N
1
307
614
Methyltransf_29
Methyltransf_11
C
PF03141 Methyltransf_29 106-602 aa PF08241 Methyltransf_11 223-317 aa
XP_057777028.1
614 aa
N
1
307
614
Methyltransf_29
Methyltransf_11
C
PF03141 Methyltransf_29 106-602 aa PF08241 Methyltransf_11 223-317 aa
XP_057777029.1
614 aa
N
1
307
614
Methyltransf_29
Methyltransf_11
C
PF03141 Methyltransf_29 106-602 aa PF08241 Methyltransf_11 223-317 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777027.1 Pfam PF03141 Methyltransf_29 Family 106 602 4.1e-222 738.9 Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
XP_057777027.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 223 317 1.3e-08 36.1 Methyltransferase domain
XP_057777028.1 Pfam PF03141 Methyltransf_29 Family 106 602 4.1e-222 738.9 Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
XP_057777028.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 223 317 1.3e-08 36.1 Methyltransferase domain
XP_057777029.1 Pfam PF03141 Methyltransf_29 Family 106 602 4.1e-222 738.9 Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
XP_057777029.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 223 317 1.3e-08 36.1 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921045.1
ATTTGTGTCGGGAAACAATGTCCCACATTACCTCTAAACTTAACCATTAATCCTCTCATTCATTACTTGTTTTCTTTTCTTTTTTAATTTTTCTGCTTGTTTTGTTGATGGATGATGTTGGTTTGCGGCTGGGAGACCCCCTTTTGCTTACTGGAGGCATGGGAGGTTATGTTTTTTTAGCAGAGGAAAATGCTGTGAATTTAAGCTGTTAGTATATCTTTTTTTGCTCGTGTTCCAGAATCTTTTCTGAAAGTGAGGAA...
XM_057921046.1
TCGGGAAACAATGTCCCACATTACCTCTAAACTTAACCATTAATCCTCTCATTCATTACTTGTTTTCTTTTCTTTTTTAATTTTTCTGCTTGTTTTGTTGATGGATGATGTTGGTTTGCGGCTGGGAGACCCCCTTTTGCTTACTGGTTGGATAGGTGCAGTAAAACATAAACATTGAAGCATTGGTTAGAGATGGGGAAGGAGTATAATGGATCCCCAAAGCCTCATCAGCTCAACATGAGGAGGAAACGTGTGACTTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995672
ATGGGGAAGGAGTATAATGGATCCCCAAAGCCTCATCAGCTCAACATGAGGAGGAAACGTGTGACTTACATCATTGGTGTGAGTTGTCTGTGTGTGATCTCTTATGCTCTAGGAGCTTGGCAAGGCCGAAGCGTAGCCCCATCGGGGCAGATGTCGTCGAGGGTCGGGTGCGACGACAGCCCGAGCGACAAGGGCCCGTCGTCAGAATCCCCGATGGTCTCGGACAGTCTTGATTTCGAGAGCCACCACCAGCTGGTGAT...
LOC130995672
ATGGGGAAGGAGTATAATGGATCCCCAAAGCCTCATCAGCTCAACATGAGGAGGAAACGTGTGACTTACATCATTGGTGTGAGTTGTCTGTGTGTGATCTCTTATGCTCTAGGAGCTTGGCAAGGCCGAAGCGTAGCCCCATCGGGGCAGATGTCGTCGAGGGTCGGGTGCGACGACAGCCCGAGCGACAAGGGCCCGTCGTCAGAATCCCCGATGGTCTCGGACAGTCTTGATTTCGAGAGCCACCACCAGCTGGTGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777027.1
MGKEYNGSPKPHQLNMRRKRVTYIIGVSCLCVISYALGAWQGRSVAPSGQMSSRVGCDDSPSDKGPSSESPMVSDSLDFESHHQLVMNISSSQAEAFPACEAKYMEYTPCNDRQRGRQFDRDMLKYRERHCPTKEELLRCLIPAPPHYKVPFKWPQSRDYAWIANIPHKELSIEKANQNWIQVEGDRFRFPGGGTMFPRGADAYIDDIAALIPLKDGSIRTALDTGCGVASWGAYLLKRDIIAMSFAPRDTHEAQVWFAL...
XP_057777028.1
MGKEYNGSPKPHQLNMRRKRVTYIIGVSCLCVISYALGAWQGRSVAPSGQMSSRVGCDDSPSDKGPSSESPMVSDSLDFESHHQLVMNISSSQAEAFPACEAKYMEYTPCNDRQRGRQFDRDMLKYRERHCPTKEELLRCLIPAPPHYKVPFKWPQSRDYAWIANIPHKELSIEKANQNWIQVEGDRFRFPGGGTMFPRGADAYIDDIAALIPLKDGSIRTALDTGCGVASWGAYLLKRDIIAMSFAPRDTHEAQVWFAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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