Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002691`

染色体: Chr07 坐标: 26257577-26259206 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002691`
名称	SmilChr07G002691
描述	glutathione S-transferase U17-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26257577 - 26259206 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995698`
GeneID	`130995698`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995698`
原始查询	`LOC130995698`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase U17-like
产物	glutathione S-transferase U17-like
Arabidopsis	`AT1G10370` (ERD9) Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576] identity=54.6; qcov=0.916; evalue=1.13e-89; confidence=high
Rice	`Os10g0528400` (OsGSTU3) - identity=45.7; qcov=0.92; evalue=4.5e-73; confidence=high
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057777069.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057777069.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777069.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777069.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777069.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26258395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,D10
`Chr7:26258508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B69,B75,C37
`Chr7:26258740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr7:26258799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B44,C46
`Chr7:26258878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:26258881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:26258942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777069.1

238 aa

119

238

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

PF02798 GST_N 9-82 aa PF13417 GST_N_3 12-85 aa PF13409 GST_N_2 16-82 aa

XP_057777071.1

238 aa

119

238

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

PF02798 GST_N 9-82 aa PF13417 GST_N_3 12-85 aa PF13409 GST_N_2 16-82 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777069.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	9	82	5.3e-16	59.4	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057777069.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	12	85	7.4e-15	55.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057777069.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	16	82	5e-13	50.2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057777071.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	9	82	5.3e-16	59.4	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057777071.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	12	85	7.4e-15	55.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057777071.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	16	82	5e-13	50.2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921088.1
GTCTTGTTAAGGATGTTATGCTGGATCCTCAGGAGCTTCTAGATGCTCACAAGAAGATTCAGGCTATGTCAAAAATTGATTCTGATTGAAAAGATTGCTTTCATTGATTGGTTTTGTGTTTTATCAGTGTTGTTATTGGTATCATCTCAAGATAAGATATCTCTTACATAGTCAAGACACAATATTTTCTACTTGGTGGTTGTTGATCAATGATGAGAAGAGCAACGAGTGGAGTTGAGCTACTTGGATCATGGGCAAGC...

XM_057921086.1
AGATGGATATATCCAAATACTACAGATTTTTCAATCTGTAGATGGCTGAAACTTTATTTTCCAATTTCAACAGTTTTATCTGTATTTATAGGCTATCATAGGACTGGTGAATGTTAGTTAAAGTTAGTAGTAGCTAGCCTTGAGATTATGCTAAAAATAATTCATTTGCAGCCCAAAAGTCTAATCTGCTAGCTATTTTCTATAAAGCTCTACATCTTCATAGCTTACACAATTTGCATTATATATACCAGTATCATCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995698
ATGATGAGAAGAGCAACGAGTGGAGTTGAGCTACTTGGATCATGGGCAAGCCCATACTCAATCAGAGTGCAAATAGCTCTGAATCTCAAGTCGATACCTTATGAATTCATCGAAGAGAAATTCTACACTAGCAACAAAAGCGCGCGCCTCCTTGAGGCCAATCCGATCCACAAGAAAATCCCAGTTCTGATCCATGATCAGAAGCCTATATCCGAGTCCCTCATCATTCTTCAATACATTGATGAAGCTTGGCCTTCCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777069.1
MMRRATSGVELLGSWASPYSIRVQIALNLKSIPYEFIEEKFYTSNKSARLLEANPIHKKIPVLIHDQKPISESLIILQYIDEAWPSNGPPILPSDPYDRAIARFWAAYVDEKWFPAFKELEKASGDEARGAIVERIHEGAVLLEEAFVKCSRSKAYFGGDSLGYIDVVLGSYLGWIELTESATGLKILEEMRTPRLARWAARLSLDDAAKDVLPDAHKLLEFYMMVQHSQKQLQSIDV

XP_057777071.1
MMRRATSGVELLGSWASPYSIRVQIALNLKSIPYEFIEEKFYTSNKSARLLEANPIHKKIPVLIHDQKPISESLIILQYIDEAWPSNGPPILPSDPYDRAIARFWAAYVDEKWFPAFKELEKASGDEARGAIVERIHEGAVLLEEAFVKCSRSKAYFGGDSLGYIDVVLGSYLGWIELTESATGLKILEEMRTPRLARWAARLSLDDAAKDVLPDAHKLLEFYMMVQHSQKQLQSIDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器