当前解析结果
SmilChr07G002688| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002688 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002688 |
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26253575 - 26254937 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995699 |
|---|---|
| GeneID | 130995699 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995699 |
| 原始查询 | LOC130995699 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 产物 | glutathione S-transferase U17-like |
| Arabidopsis | AT1G10370 (ERD9)Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576] identity=56; qcov=0.911; evalue=1.96e-79; confidence=high |
| Rice | Os10g0525800 (OsGSTU31)- identity=51.8; qcov=0.928; evalue=2.57e-69; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995699 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057777072.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777072.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777072.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777072.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777072.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26253948 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A20,A6,B1,B108,B119,B12,B125,B136,B137,B139,B20,B76,B90,B92,C1,C21,C31,C4,C60,C77,C83,D11,D5 |
Chr7:26253961 |
C |
CTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A23,B15,B50,B52,B86,C17,C51 |
Chr7:26254012 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A20,B100,B112,B126,B2,B26,B27,B38,B4,B63,B84,B86,B91,C10,C31,C68,C83,C86,D5,D9 |
Chr7:26254014 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B112,B126,B27,B91,C10,C68,C83,D5,D9 |
Chr7:26254184 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,C49,C85,D5 |
Chr7:26254198 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,C49,D5 |
Chr7:26254392 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:26254596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B86,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777072.1PF02798
GST_N 12-84 aa
PF13417
GST_N_3 15-85 aa
PF13409
GST_N_2 21-84 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777072.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 12 | 84 | 9.9e-18 | 65.0 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777072.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 15 | 85 | 1.3e-17 | 64.6 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777072.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 21 | 84 | 6.7e-14 | 53.0 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。