Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002701`

染色体: Chr07 坐标: 26376249-26379617 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002701`
名称	SmilChr07G002701
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.13
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26376249 - 26379617 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995713`
GeneID	`130995713`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995713`
原始查询	`LOC130995713`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.13
产物	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.13
Arabidopsis	`AT1G69870` (NRT1.7) nitrate transporter 1.7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843323] identity=55.6; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0913300` (OsNRT1.7) - identity=51; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00854 (PTR2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057777090.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777090.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777090.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777090.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777090.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26376419`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A18,A5,A8,B10,B107,B109,B113,B124,B133,B134,B16,B40,B55,B65,B76,B78,B97,C25,C3,C38,C41,C42,C43,C51,C74,C87,D1,D10,D8
`Chr7:26376485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B47,C67
`Chr7:26376506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C5
`Chr7:26376545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr7:26376572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C46
`Chr7:26376581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C40,C55
`Chr7:26376600`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A9,B124,B29
`Chr7:26376600`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A9,B124,B29
`Chr7:26376611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B47,C67
`Chr7:26376614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C48
`Chr7:26376650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B47
`Chr7:26376773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B107,C19,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777090.1

599 aa

300

599

PTR2

PF00854 PTR2 117-533 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777090.1`	Pfam	`PF00854`	PTR2	Family	117	533	1e-80	272.3	POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921107.1
ATTAGCCCCATGCTTACTTACACCCCCATTCTCTCCCATTTTATGTATCTATATATACACAGACGTTACACATTATTATTTACAGCTAACCAGTGCCGACTATATATGTGTGGTTTCTAGTTCTAGCTACTATATATATACACACACACACACTTGTAGTTGTAGAGAGAGAGAGAGAGTGGTGTTGAGTTGAGAGGAAAATTACAATAATAGAGTGAGGGAGAAGATGCAGGCATCACAGGAGGAGGAGAAACAAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995713
ATGCAGGCATCACAGGAGGAGGAGAAACAAATGAAGTCCTATTCATCTTCTTGGCTTGTTCCCAGCAGATGTTTCTCTTCTCCGCCGCCGGAAAATGGATTCGACGAGGCTAAGCCATCCCAGAAGCAGCGAACGCCCGGTGGCTGGAAGGCCATGCCTTTTGTTTTGGGAAATGAAACTTTTGAGAGGTTGGCAACAATAGGATTGCTAGCAAATTTCATGGTGTTTCTGCTAACGCAGTTTCACATGGACCAAGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777090.1
MQASQEEEKQMKSYSSSWLVPSRCFSSPPPENGFDEAKPSQKQRTPGGWKAMPFVLGNETFERLATIGLLANFMVFLLTQFHMDQVLASNVMNIWMGVTNFAPLIGAYISDAHLGRFRTIAYATFSAIMGMVTLTIIAGVPQLRPPPCINQKCSAPTKSQLGVLALGLGFLSVGTGGIRPCSIPFGVDQFDASTAEGRRGINSFFNWYYMSFTLVMTIALTLVVYIQDSVSWVWGFGIPTALMLFAIVLFFVGTNFYVYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器